«Аточа» представляла собой плавающую крепость, несущую двадцать бронзовых пушек, шестьдесят мушкетов и большие запасы пороха и ядер. Все свободное место на «Аточе» было забито сокровищами Вест-Индии. Вместе с медью, индиго и табаком «Аточа» несла огромные сокровища – девятьсот один серебряный слиток, сто шестьдесят один золотой слиток или диск и около 255 тысяч серебряных монет.
Хотя «Санта-Маргарита» несла в два раза меньше драгоценных слитков, чем «Аточа», пассажирам на ней было так же тесно, не исключая и губернатора испанской Венесуэлы, дона Франсиско де ла Хоса.
Главный лоцман направил флотилию в Флоридский пролив, пытаясь попасть в наиболее мощный поток Гольфстрима около Флориды-Кис. К утру понедельника 5 сентября сильный северо-восточный ветер поднял волнение. Вскоре обстановка еще более ухудшилась. Когда ветер сорвал паруса, сломал мачты и разбил рули, суда превратились в неуправляемые куски дерева. Сильным потоком ветра было захвачено восемь несчастных судов, включая «Росарио», «Аточу» и «Санта-Маргариту». Их быстро понесло на север, в сторону рифов.
После наступления темноты «Санта-Маргарита» потеряла главный парус на фок-мачте. Огромные волны, перекатывавшиеся через ее корпус, снесли грот-мачту и штурвал. Судно сносило к северу.
На рассвете 6 сентября, во вторник, лоцман сделал в судовом журнале запись об уменьшении глубины. Несколько отважных матросов пытались поставить еще один фок и, лавируя, уйти от опасности, но его снова унесло. Когда судно проносило между флоридскими рифами, попытались отдать якоря, но они не забирали грунт. Внезапно галион налетел на мель и засел на ней.
Когда совсем рассвело, командир находящейся на корабле пехоты, капитан Бернадино де Луго подошел к фальшборту «Санта-Маргариты». На его глазах затонул галион «Нуэстра Сеньора де Аточа». Затем его собственный корабль начал погружаться. Спрыгнув за борт, де Луго ухватился за деревянный брус и поплыл. Еще шестьдесят семь человек нашли спасение на обломках «Санта-Маргариты». Сто двадцать семь человек утонули. Днем ветер утих. По счастливой случайности в тот полдень рядом проходило судно с Ямайки. Уцелевшие люди были подняты на борт, где встретили пятерых спасшихся с «Аточи». Остальные двести шестьдесят человек, находившиеся на ней, погибли.
Несколькими днями позже капитан маленького судна «Санта-Каталина» Бартоломе Лопес видел место крушения; он заметил корпус «Аточи» с обломком бизань-мачты, выступающим из воды.
Спасшиеся с «Росарио» ступили на землю острова Драй-Тортугас, неподалеку от их севшего на мель талиона. Места кораблекрушений протянулись на восток больше чем на сорок миль: сначала небольшой португальский работорговец, затем посыльное судно флота, затем «Санта-Маргарита» и «Аточа». Немного дальше погиб маленький кубинский сторожевик, и где-то невдалеке от берега