Гордый Менгли-Гирей все свое правление пытался бороться за призрачную независимость Крымского ханства, но противник был очень силен и не жалел своих и чужих жизней в борьбе за власть и деньги. Крымские легенды рассказывают, что после одной неудачной битвы Менгли-Гирей и его сын Мухаммед спаслись на левом берегу реки Чурук-Су. Там они стали свидетелями схватки двух змей, одна из которых, полумертвая после поражения, сумела ожить после купания в реке.
Гербом Крымского ханства стали две свившиеся в схватке змеи, а на месте их драки в 1503 году Менгли-Гирей начал строительство новой ханской резиденции, названной «Дворец в саду» (Бахчисарай), которое закончилось в 1550-х годах. Ханский дворец занял левый берег реки Чурук-Су, а на правом появился город, ставший столицей Крымского ханства почти на триста лет.
Сорок крымских ханов Гиреев, сменяя друг друга, три века правили ханством из Бахчисарая. Гиреям помогал Государственный совет, диван, в который кроме хана входили его преемник, калга-султан, второй наследник, нуреддин-султан, мать хана или его старшая жена, ханша-валиде, глава мусульманского духовенства, муфтий, главные феодалы, беки и мурзы, и руководители войска, огланы. Для утверждения законов и принятия судьбоносных решений в Бахчисарай на съезды созывались представители крымско-татарской знати.
В XVII веке Бахчисарай во главе Крымского ханства достиг пределов своего могущества, владея Крымским полуостровом, Кубанью и Северным Причерноморьем. Придворный штат Бахчисарайского дворца Хан-Сарая составляли сотни человек – султаны, принцы из рода Гиреев, ор-бей, комендант крепости Перекоп из рода Гиреев, главный ханский визирь, казы-аскер, главный духовный судья, великий ага, министр полиции, главный казначей, первый дефтедар, министр финансов, их заместители, нуреддины и дефтедары, беи Ширинский, Барынский, Мансурский, Аргинский, Яшлавский, Седжеутский, силихтер, меченосец хана, кятиби-диван, секретарь Государственного совета, ак-меджи-бей, хранитель гарема, каймакамы провинций, мурахасы, представители знатных дворянских родов, кади, судьи, сердары, командиры войска, дыздары, коменданты крепостей, руководители Монетного двора и таможни, несколько десятков ханских мурз-телохранителей из разных родов, капиджи, камергеры, имирюры, шталмейстеры, кулар-агасы, начальник пажей и слуг, смотритель ханского зверинца в Чуфут-Кале, смотритель соколиных гнезд, главный ловчий, главный шкипер, чугадары, фурьеры, главный секретарь хана, главный лекарь, множество слуг, надзирателей, смотрителей и поваров.
За XVI–XVII века Крымское