Из штаб-квартиры своего нового управления в Ораниенбурге под Берлином Эйке реорганизовал и увеличил численность отрядов СС «Мертвая голова» пяти получивших порядковые номера штурмбаннов, или батальонов: 1-й батальон «Обербаерн» («Верхняя Бавария»), 2-й батальон «Эльбе» («Эльба»), 3-й батальон «Заксен» («Саксония»), 4-й батальон «Остфрисланд» («Восточная Фрисландия») и 5-й батальон «Бранденбург». В 1937 году пять батальонов были повторно реорганизованы, на сей раз укрупнены до штандартов, или полков, получивших названия «Обербаерн», «Бранденбург» и «Тюринген» («Тюрингия»). Они дислоцировались в Дахау, Ораниенбурге (Заксенхаузене) и Франкенберге соответственно. Несколько месяцев спустя полк «Тюринген» был переведен из Франкенберга в концентрационный лагерь Бухенвальд близ Веймара. После оккупации Австрии в Линце был сформирован четвертый полк, получивший название «Остмарк» (так называли присоединенную к Третьему рейху Австрию. – Пер.); позже его личный состав обеспечивал охрану одноименного концентрационного лагеря близ города Маутхаузен.
Помимо выполнения своих охранных функций, отряды СС «Мертвая голова» принимали участие (наряду с резервными войсками СС) в присоединении к Третьему рейху Австрии, а также в оккупации Судетской области и Чехии с Моравией[5]. Личный состав отрядов СС «Мертвая голова» также проводил военную подготовку членов общих СС, которые в случае войны подлежали мобилизации в качестве «полицейских подкреплений». Когда война в конце концов началась, около 40 000 резервистов общих СС были призваны для пополнения рядов свыше десятка вновь сформированных полков «Мертвая голова». В тот же период (октябрь 1939 года) на базе 6500 служащих из наиболее опытной части личного состава подразделений «Мертвая голова», усиленных резервистами СС, была сформирована новая боевая дивизия СС («Мертвая голова») под командованием Теодора Эйке, который оставил свои обязанности по охране концлагерей ради более привлекательной роли полевого командира ваффен-СС.
Весь 1940 год, а также часть 1941 года полки СС «Мертвая голова» занимались несением полицейской службы на недавно оккупированных территориях и совершали характерные для этнической политики Гитлера депортации и расстрелы. Однако незадолго до вторжения в Советский Союз некоторые из этих подразделений были расформированы, и часть их личного состава пополнила ряды уже существовавших формирований ваффен-СС, в то время как другие соединения напрямую влились во вновь созданные фронтовые части ваффен-СС. Таким образом, отряды СС «Мертвая голова» перестали занимать свое не соответствующее норме положение (в то время как Гиммлер считал их частью ваффен-СС, армейское командование отказывалось признавать службу в отрядах СС «Мертвая голова» исполнением