Из свидетельств пастора Ватермана известно, что было некое «приметное место», где были вскрыты глухие каменные подвалы, в которых хранились древние книги. Подвалы находились «около покоя царского». В 16 и 17-м веках «покоевые» т.е. спальные хоромы царя находились рядом с церковью Святого Лазаря, а ещё точнее, прямо напротив алтаря церкви «Спаса на Бору». Личные покои князя Иоанна Васильевича 1462 – 1505г. состояли из 5 – 7 комнат первого этажа. Второй этаж – терема и светёлки. Из летописи известно, что драгоценные вещи князя Ивана Третьего и его казна, согласно древнему обычаю хранились в так называемых «спокоях», т.е. в подвалах и подклетях каменных церквей. Местом, где хранилась казна предшественника Грозного, летописи указывают именно каменную церковь Святого Лазаря. Драгоценные же вещи его супруги Софьи Фоминичны Палеолог хранились под каменной церковью Иоанна Предтечи на Бору у Боровицких ворот.
Значит, под сводами старинных каменных церквей Святого Лазаря и Спаса на Бору были изначально устроены глухие каменные подвалы (склепы) из белого камня. В них, как нигде ещё было удобно хранить драгоценные вещи, так как частые и опустошительные пожары действительно были большой опасностью.
Такие же мощные подвалы были и под церковью Иоанна Предтечи на Бору. Эта церковь была снесена до основания в 1847 году. При расчистке фундамента было найдено древнее кладбище. Подвалы же были много глубже кладбища, и теперь они могут находиться в 8—10 метрах от поверхности земли. В настоящее время на месте снесённой церкви находится проезжая дорога и площадь.
Восстановим хронологию событий, связанных с библиотекой Московских князей и Ивана Грозного. Известно, что в 1472 году в Москву, в Кремль прибыл обоз невесты Ивана Третьего. С собой она привезла 70 возов приданного. В этом обозе были и книги, числом до 800 штук. (Согласно весьма подозрительному списку проф. Дабелова). По прибытию в Кремль Софья поселилась в дворце-тереме рядом с церковью Иоанна Предтечи. Здесь она была выстроена совсем недавно в 1461 году, на месте старой, деревянной. Жилые покои князя находились совсем недалеко, около церкви Спаса на Бору. Рядом стояла и церковь – Рождества Богородицы. Эта церковь служила домовым храмом княгинь и царевен. Как бы под ней, т.е. уже почти погрузившись в землю, стояла церковь Святого Лазаря. Этот небольшой храм был выстроен ещё во времена Ивана Калиты из каменных блоков, которые добывали в Дорогомилове. Камень был настолько твёрд и плотен, что через него не просачивалась вода.
Церковь Рождества Богородицы была выстроена в 1396 году. А в 1480 году эта церковь, надстроенная над храмом Святого Лазаря, внезапно обрушилась и находилась в таком положении до 1514 года.
Сам Иван Третий умер в 1505 году и на престол встал его сын –