По поводу церковных реформ XVII в. императрица высказывалась необычайно смело: «Никон внес разлад и разделение между народом и престолом; до него государи были отцами своего народа, самодержавными охранителями православных на любви и свободе, на единости престола с народом в верности веры отцов, в верности обрядов и обычаев предков, основателей отношений государей к их народу. Никон из Алексея царя-отца сделал тирана и истязателя своего народа… Народ стал видеть в своих царях антихристов, и мы его не виним: народ подлинно испытал на себе руку последних. И для чего все это? Для чего Алексей изменил своему народу, изменил еще недавнему, еще памятному избранию народом отца его в царя Российской земли, изменил общим обязанностям всех царей? Чтобы угодить другу своему Никону, чтобы покорить под ноги его и иерархов, и духовенство, и народ, и затем, чтобы из него и будущих патриархов создать врагов престолу и самодержавию. Удивляюсь царю Алексею, его недальновидности: идет за Никоном, как провинившийся мальчишка за готовящимся его высечь учителем! Вот заслуга никоновской реформы пред престолом и самодержавием!»15
В то же время Екатерина разделяла старообрядцев на «хороших» и «плохих» в зависимости от их готовности к компромиссу. Она надеялась, что при помощи кнута и пряника удастся сделать то, чего не удалось добиться одним только кнутом: присоединить старообрядцев к господствующей церкви. Эту мысль она выразила в манифесте от 3 марта 1764 г., которым освободила старообрядцев от двойного налога. В то же время в манифесте были предусмотрены не только «кроткие» меры: «С потаенными же раскольниками поступать по всей строгости законов». Под «потаенными» имелись в виду те, кто отказывался иметь какое-либо общение с господствующей церковью, в то время как были и другие, которые готовы были идти в новообрядческий храм, лишь бы им разрешали креститься двуперстно. Этих последних манифест даже повелевал «не считать раскольниками».
Особое значение в истории старообрядчества приобрел манифест императрицы от 4 декабря 1762 г. о свободном возвращении «беглецов» на родину, в котором объявлялась «амнистия» за все прежние дела. Этим манифестом она открыла путь на родину огромной массе русских людей, бежавших за рубеж от преследования за религиозные убеждения. В манифесте говорилось: «Ея Императорского Величества указом всем живущим за границей