Однако штаты зачастую носили скорее формальный характер, а деление на структурные подразделения внутри батальонов часто отсутствовало в принципе. Например, согласно приказу командира Егорьевского истребительного батальона Московской области от 24 декабря 1941 года, данное подразделение переформировывалось и по вновь вводимому штату насчитывало две, а не три стрелковые роты53. Такие же преобразования в марте 1942 года коснулись Раменского и Балашихинского батальонов54. В приведенных случаях они выглядели вполне оправданно – обозначенные части насчитывали около 200 человек, и их распыление по нескольким подразделениям не виделось логичным. В той же Московской области с марта 1942 года батальоны стали делиться на два стрелковых взвода численностью в 30–50 человек, а также пулеметный взвод из 14 человек при четырех пулеметах. В ряде случаев последний получал статус станково-пулеметного и оснащался соответствующим тяжелым вооружением в количестве двух единиц55. Очевидно, что в зависимости от имеющихся ресурсов и обстановки внутренняя структура истребительных батальонов в различных регионах претерпевала серьезные изменения.
Помимо винтовок и личного стрелкового оружия командиров, батальоны по штату вооружались двумя ручными пулеметами (фактически их количество могло отличаться как в большую, так и в меньшую сторону) и формировались «из числа проверенного партийного, комсомольского и советского актива, способного владеть оружием». Руководить ими должны были сотрудники НКВД или милиции. Главными задачами истребительных батальонов являлись: охрана стратегических объектов, находящихся в ближнем тылу РККА, борьба с немецкими диверсантами, бандитами, дезертирами56, а также парашютными десантами.
Судя по имеющимся документам, в военных ведомствах и органах госбезопасности еще до войны разрабатывались планы создания противодесантных подразделений милицейского типа с привлечением гражданского населения, по функционалу близких к будущим истребительным батальонам. К примеру, в докладе начальника информационного отдела разведывательного управления Генштаба РККА генерал-майора Н.С. Дронова разбирались методы применения и средства борьбы с немецкими парашютно-десантными войсками. Данный документ датируется маем 1941 года. В нем не только подробно описывался численный состав, вооружение и тактика использования немцами