Недовольство Сталина вылилось в действие. Верховный главнокомандующий действовал за спиной Берии. Заместитель Берии, Виктор Абакумов, обогнал на повороте своего шефа. Совет Народных Комиссаров 19 апреля 1943 года издал Постановление № 418–138 СС – создать орган контрразведки СМЕРШ на базе Управления особых отделов, выделив их из НКВД. Новый орган стал называться «Главное управление контрразведки СМЕРШ НКО», его начальником стал В. С. Абакумов. Подчинялся он непосредственно Сталину, а не Берии. Таким образом, контроль над армией оказался в руках Верховного главнокомандующего, а не наркома НКВД. Этим же постановлением создавалось управление контрразведки СМЕРШ Военно-Морского Флота СССР, начальником его стал комиссар госбезопасности П. А. Гладков, подчинявшийся наркому флота Н. Г. Кузнецову.
А к 15 мая 1943 года в НКВД приказом № 00856 по наркомату был создан отдел контрразведки СМЕРШ под руководством комиссара ГБ С. П. Юхимовича, подчинявшегося Л. П. Берии. Таким образом, в стране почти одновременно появились три структуры с одинаковым названием. ГУ КР НКО В. С. Абакумова, УК НК ВМФ П. А. Гладкова и ОКР СМЕРШ С. П. Юхимовича. Они являлись независимыми друг от друга и подчинялись своему руководству.
Служба оперативников СМЕРШа была крайне опасной. В среднем до ранения или гибели оперативник служил не больше трех месяцев. Вопреки всеобщему мнению, СМЕРШ не приговаривал никого к тюрьме или расстрелу. Приговоры для военнослужащих выносил военный трибунал, для гражданских – особое совещание при НКВД. Заградотряды были функцией войск по охране тыла. Иногда они действовали совместно со СМЕРШем перед наступательными операциями РККА, прочесывая ближний тыл – населенные пункты, военные гарнизоны, леса, нежилые помещения. Требовалось обезопасить тылы армии. В ходе таких зачисток удавалось задерживать вражеские разведгруппы, лиц без документов, дезертиров, преступников всех мастей. Такие мероприятия проводились силами войск по охране тыла. Привлекались значительные силы – от роты до батальонов и полков.
Пока вопрос создания мобильных групп обсуждался в верхах, Федору пришлось поучаствовать в такой зачистке.