Эта церковь разграничила две архитектурные эпохи – если раньше в Москве исповедовали нарышкинское барокко, то теперь пришел черед петровского барокко. Старая московская Русь уходила из архитектуры, она вернется лишь полтора века спустя в формах и чертах «русского» стиля.
Скорее всего, над храмом работал Иван Зарудный, закончивший работы к 1707 году. Ему мог помогать Доменико Трезини. Первоначально Меншикова башня сильно напоминала Петропавловский собор в Петербурге и, возможно, служила его прототипом. Несколько каменных ярусов сменялись шпилем и ангелом с трубой. «Над этой церковью, имеющей форму русского креста, возвышается прекрасная башня, которая как издали, так и вблизи очень красива. На ней устроены большие и превосходные куранты, играющие через каждый час, полтора и четверть часа разные песни…» – отмечал Берхгольц в своем дневнике. Видимо, немало москвичей приходило сюда каждый день к 12 часам, чтобы наслаждаться музыкой целых 30 минут.
Здание, строительство которого спонсировал Меншиков, возмутило консервативных горожан. Дело в том, что вышедший «из грязи в князи» петровский фаворит построил церковь выше колокольни Ивана Великого – 84 метра против 81-го, а в Москве существовала негласная традиция вавилонских столпов не возводить и главную колокольню города излишними высотами не дразнить. О дерзости и смелости Александра Меншикова споры могли вестись и до наших дней, но разыгравшаяся летом 1723 года буря подвела им итог: она уничтожила деревянное навершие храма – туда попала молния, многотонные колокола количеством около 50 штук рухнули вниз, погибли прихожане храма, пытавшиеся спасти церковные сокровища. «И подавили всех в той час прилучившихся в церкви не малое число народа, паче ж военных людей ко отниманию от огня утвари церковной учрежденных; а при том сводов и всего, что сверху на низ обвалилось, пламень, не имея себе в церкви пространства, со зелною яростию в двери и в окна нечаянно изскочив, опалил немало около церкви в ограде стоящих. И тако сие толь прекрасное и многоиждивное здание, со упованием долголетняго пребывания построеное, изволением вышняго в малы часы вся красоты лишилось со жалостным видением на оное зрящих», – с видимым сожалением сообщает реляция. Башню восстановили только в годы правления Екатерины II, когда в соседнем Кривоколенном переулке жил юный Карамзин. Не о Меншиковой ли башне («готический дом, любезный предмет глаз моих в часы ночные») он упоминает в первых строчках «Писем русского путешественника»?
Среди прочих выдающихся культовых зданий следует упомянуть церковь Петра и Павла на Басманной улице. Местность называлась Капитанской слободой, здесь первоначально селились иностранцы-офицеры, что не могло не сказаться на внешнем облике