Черное духовенство также не избежало этого. После того как некоторые игумены и архимандриты начали участвовать на соборах и в Думе, монахи стали часто обращаться к государю, прося у него защиты против произвола епископов, подобно тому как их братья на Западе обращались к папе. Государь охотно отзывался на это до той поры, пока не почувствовал себя достаточно сильным, чтобы упростить эти отношения: он сосредоточил соответствующую юрисдикцию в одном из своих гражданских приказов. Из того унижения, в какое судьба ввергла как белое, так и черное духовенство, оно бы могло подняться добродетелью своего служения. Но для этого нужно было, чтобы интеллектуальная ценность и нравственное достоинство, хотя бы высшего духовенства, отвечали их высокому служебному назначению, и чтобы огонь и свет пламени священного призвания зажегся и горел на алтарях этой автокефальной церкви так же ярко, как на Западе, где такие папы, как Лев Х и Пий V, придали ей всемирный блеск. Но Кириллы и Ионы, увы, не могли найти божественной искры под пеплом Византии.
Во время Ивана III высшее белое духовенство еще боролось. Когда разгорелся спор между великим князем и митрополитом по вопросам, касавшимся богослужения, последний покинул свой престол, оставил храмы без освящения и заставил таким образом государя «бить челом» в покаянии. Но уже при преемниках этого государя, еще недостаточно укрепленных в своей роли всемогущих владык, для борьбы с торжествующим деспотизмом потребовалось нечто большее сознания оскорбленного достоинства. Святой Филипп, о мученичестве которого я еще буду говорить, был убит и своей кровью запечатлел верность попранным традициям и стремление к независимости.