Генерал-губернатор с радостью дал делу ход. На борт «Борея» пытался даже прибыть судебный исполнитель, чтобы арестовать зарвавшегося капитана, но его не пустили. Однако сходить на берег Нельсону, как и его команде, было опасно, так как там их поджидали местные власти. Возмущенный Нельсон написал письмо королю, прося у него защиты от произвола местных властей. Капитану, офицерам и матросам пришлось отсиживаться на фрегате в течение двух месяцев. Коротая время, устраивали турниры по игре в карты, ставили любительские спектакли. Продукты, воду и другие припасы доставляли им товарищи с других кораблей. Нельсон ждал, пока его обращение будет рассмотрено судом Адмиралтейства.
И он дождался! В Лондоне в конце концов поняли, что речь идет не о каком-то частном деле, а об основополагающем принципе торговли, в целом же – о благополучии государства. Если прецедент нарушения Навигационного акта будет иметь место, это вызовет цепную реакцию повсюду, но тогда навести порядок будет значительно сложнее. Вслед за этим Нельсон получил ответ на свое обращение к королю. Королевская канцелярия обещала ему защиту в случае суда. Это означало, что никакого суда не будет вообще и король поддерживает стоящего на страже закона капитана. В сентябре Адмиралтейство признало захват контрабандистских судов правомерным и сняло с Нельсона все обвинения. Затем на имя адмирала Хьюза пришло письмо из министерства финансов, в котором указывалось, что правительство «считает, что главнокомандующий станции Подветренных островов и подчиненные ему офицеры проявили весьма похвальное усердие в их усилиях прекратить незаконную практику, имевшую место на островах и представляющую собой открытое нарушение закона, следствием чего был большой ущерб судоходству и торговле владений его величества».
Таким образом, враги капитана «Борея» были посрамлены, а сам он стал настоящим героем среди офицеров и матросов вест-индской эскадры.
Из истории с Навигационным актом можно сделать вывод: Нельсон впервые проявил себя как политик, ставящий во главу угла не личные интересы, а государственные.
Нельсон праздновал победу. Плохо разбираясь в столичных интригах, он и представить не мог, что с вест-индской контрабанды кормились не только местный генерал-губернатор и командующий эскадрой, но также свою долю – и не малую имел с этого и целый сонм лондонских чиновников. Для них принципиальность Нельсона обернулась потерей доходов, а этого простить было невозможно. Отныне, сам того не ведая, Нельсон приобрел в столице множество врагов, занимающих самые высокие посты и имеющих связи во всех сферах. Пройдет совсем немного времени, и принципиальность молодого капитана обернется против него самого. Однако пока врагам надо было выждать время,