Когда в 1812 году последовало вторжение Наполеона в Россию и армия Макдональда угрожала Риге, многие из дерптских студентов, в том числе и Бэр, отправились, как истинные патриоты, на театр военных действий, в Ригу, где в русском гарнизоне и в городском населении свирепствовал тиф. Заболел тифом и Бэр, как большинство врачей и их помощников, и перенес болезнь благополучно лишь благодаря своим молодым силам. Научился он при этой своей медицинской практике немногому, так как в госпитале, переполненном больными, было мало средств лечения и еще меньше порядка и опытных врачей-руководителей, но зато он приобрел много жизненного опыта, стоя лицом к лицу с ужасами войны. К счастью, вскоре распространились вести об отступлении Наполеона, и армия Макдональда также удалилась от Риги после продолжительной безрезультатной бомбардировки. «Мы были рады, – пишет Бэр, – что мы более не нужны, и возвратились в начале января в Дерпт. Чтобы мы принесли много пользы государству – в этом я очень сомневаюсь».
В 1814 году Бэр – который, как мы видим, пробыл в Дерпте не год, а остался заканчивать курс – стал готовиться к окончательному экзамену и к диссертации на степень доктора медицины. Экзамен был выдержан, и вскоре представлена и защищена диссертация «Об эндемических болезнях в Эстляндии». Диплом был у Бэра в кармане, но все же он осознавал, что, несмотря на благополучное окончание курса, знаний практических у него нет и начинать деятельность врача при такой ничтожной подготовке было бы недобросовестно. Поэтому он просил своего отца отправить его для довершения медицинского образования за границу. Отец дал ему небольшую сумму, на которую, по расчетам Бэра, он мог прожить года полтора, и такую же сумму предоставил ему заимообразно его старший брат.
С этими деньгами молодой Бэр отправился за границу, избрав для продолжения своего медицинского образования Вену, где преподавали такие тогдашние знаменитости, как Гильдебранд, Руст, Беер и другие. Чувствуя в себе полное отсутствие именно практической медицинской подготовки, Бэр решил заниматься исключительно клинической медициной и не хотел ничего слышать о других науках.
Так, проезжая через Берлин и встретив там Пандера – будущего знаменитого эмбриолога и палеонтолога, который стал уговаривать его остаться в Берлине, восторженно описывая тамошний