При патриархе состоял целый штат духовных и светских должностных лиц. Для официальных сношений с османским правительством при управлении делами патриархии существовала специальная канцелярия, через которую в Порту направлялись представления патриархии, а также предназначенные для исполнения судебные решения состоящих при патриархии учреждений. Из Порты в патриархию поступали ответные уведомления правительства (тезкере), императорские бераты и фирманы.
Во главе канцелярии стоял особый чиновник – капу кехаясы (капу кетхудасы)25 (лат. викарий26) – в архиерейском сане и с османским титулом эфенди. Вселенский первосвятитель имел до пяти викарных епископов, которые управляли церквами и духовенством той или иной части Константинополя. Ближайшим помощником патриарха по управлению епархией являлся великий протосинкелл27 в сане архимандрита, облеченный значительной властью и полномочиями. Он, в частности, замещал патриарха на официальных мероприятиях, участвовал в патриарших богослужениях. Константинопольский патриарх осуществлял контакты с османским правительством по делам гражданского управления рум миллети через великого логофета (этнического грека)28. Его функции при Фанаре и Порте во многом напоминали полномочия российского обер-прокурора Святейшего Правительствующего Синода как официального представителя интересов Греко-Российской церкви в правительстве (735, кн. I, с. 122). Пост великого логофета относился к числу одной из немногих должностей, сохраненных в штате патриархата с византийской эпохи. Он избирался из числа представителей знатнейших и богатейших греческих фамилий. Влияние великого логофета на дела патриархии было исключительно велико: без его подписи все определения Синода относительно назначения митрополитов и епископов не имели юридической силы.
Сам же Константинопольский патриарх имел право обращаться напрямую к великому визирю и министру юстиции (857, с. 597). В XIX веке делами патриархата ведало Министерство юстиции и вероисповеданий (адалет незарети), а с середины XIX века еще и Министерство иностранных дел (незарети хариджийе) (375, л. 1—37).
Можно согласиться с мнением немецких историков конца XIX века Г.Л. Маурера и Г.Ф. Герцберга, утверждавших, что в период османского владычества вплоть до первой половины XIX века Вселенский патриарх «юридически был не только неограниченным пастыреначальником, но и верховным вождем греческого народа в политическом отношении, сделавшимся в некотором роде правопреемником византийских императоров» (591, с. 93; 851, с. 195–196). Он сохранил за собой титулы византийских правителей (афента и деспота), императорский герб в виде византийского двуглавого орла, воплотив в себе, по словам турецкого историка Халиля Инальджика, «византийский политический идеал»