Толерантная политика хедивских властей в отношении христиан и иудеев объективно подрывала авторитет местных духовных лидеров из числа улама и аянов, зато, с другой стороны, повышала значимость новых чиновников провинциальной администрации (осм.-и ‛урфэхл; араб. ахль аль-‛урф), а также роль местной знати, связанной с ними родственными связями (интисáб). Несмотря на значительное улучшение положения зимми, их статус формально не изменился. С них по-прежнему взималась джизья (там же, с. 64–65). В августе 1832 г. Ибрахим-паша издал буюрулды73 всем мутасаллимам Сайдского эйалета и Иерусалимского и Наблусского санджаков, в котором запретил все виды незаконных поборов (такáлúф аль-‛урф) в пользу местных аянов и провинциальной администрации, а также отменил все каффары, сделав свободным и беспошлинным для всех вход в храм Воскресения Христова и доступ к месту Крещения на реке Иордан и остальным христианским Святым местам Палестины (669, с. 86; 886, с. 89–90). Были сделаны послабления в отношении деятельности европейских миссионеров. Христианскому населению было разрешено ремонтировать церкви и возводить новые здания (811, с. 109). В период египетского правления впервые в Сирии и Палестине христиане-зимми стали приниматься на работу в правительственные учреждения и занимать посты в сфере экономики. Кроме того, «покровительствуемые» были представлены вместе с мусульманами в новых юридических органах местной власти – консультативных советах (маджáлис аш-шура) Дамаска и Иерусалима (800, с. 349–350; 811, с. 109; 886, с. 88). Это воспринималось в Стамбуле как прямой вызов султану и всему государственному аппарату Османов.
Веротерпимость Мухаммада Али в отношении зимми, в частности христианских общин, способствовала новому всплеску межхристианских споров, придав уверенности католикам-мюстеминам и армянам-о смайлы в возможности расширить права на христианские святыни Палестины за счет православных. Так, иерусалимское духовенство Армянской апостольской церкви и община монахов-францисканцев (осм. франжа рухбани таифеси) во главе с «кустодом Святой земли»74 вновь предъявили грекам Иерусалимского патриархата претензии на находившиеся в ведении православного духовенства Святые места. Инославные конфессии требовали передать им в совместное и даже исключительное владение (мульк) ряд мест поклонений в Иерусалиме и Вифлееме. Свои споры с Иерусалимской православной церковью францисканцы и армяне охотно переносили в суды, так как, в силу османского законодательства, выигравшая дело сторона должна была покрывать все финансовые издержки судебного разбирательства (662, с. 175). По свидетельству К.М. Базили, зачинщики спора получали