Весною Пржевальский снова отправился на озеро Ханка со специальной целью – изучить его орнитологическую фауну и наблюдать за пролетом птиц. Это был лучший период путешествия, несмотря на скверную материальную обстановку. С появлением первых проталин потянулись бесчисленные стаи птиц. Журавли, цапли, кулики, утки всевозможных пород тянулись не десятками, не сотнями тысяч, а миллионами; не стаями, а тучами, которые Пржевальский сравнивает с тучами саранчи. “Здесь столько пород птиц,– пишет он дяде,– что и во сне не приснится. Каких там нет уток и других птиц. Некоторые так красивы, что едва ли таких можно сделать и на картине. У меня теперь уже 210 чучел этих птиц. В числе чучел есть у меня журавль – весь белый, только половина крыльев черная; этот журавль имеет в размахе крыльев около 8 футов. Есть на Ханка еще кулик величиною с большого гуся и весь превосходного розового цвета; есть иволга величиною с голубя и ярко-желтого цвета, а свистит-то она как громко! Есть цапли белые, как снег, черные аисты и много-много есть редкостей как между животными, так и между растениями. Между последними в особенности замечательна огромная (величиною с шапку) водяная кувшинка, родная сестра гвианской виктории; она вся красная и превосходно пахнет”.
Покончив с наблюдениями на озере Ханка, Пржевальский собирался отправиться в Маньчжурию. Но в это время шайка китайских разбойников – хунхузов вторглась в наши владения на побережье Японского моря, истребляя русские деревни и подстрекая к восстанию местное китайское население. Пржевальский был оторван от своих занятий и отправился усмирять восстание, что исполнил быстро и успешно. За это получил он капитанский чин и был переведен в Генеральный штаб, “…чего до сих пор не делали по разным интригам” (писал он). Вообще, в это время он, кажется, многим не нравился. Особенно возмущались его самоуверенным тоном, когда он говорил о результатах своего путешествия. Эта уверенность проистекала от сознания своих сил и блистательно оправдалась впоследствии, но пока раздражала важных особ: как, мол, смеет зазнаваться такая мелкая сошка?
В то же время он был назначен старшим адъютантом штаба войск Приморской области и переехал в Николаевск-на-Амуре, где прожил зиму 1868/69 года.
Амурская жизнь вызвала крайне резкие отзывы с его стороны.