В конце 1822 года последовало Высочайшее повеление об учреждении при Дерптском университете института “из двадцати природных россиян”, предназначенных для замещения со временем профессорских кафедр в четырех русских университетах.
Идея учреждения профессорского института принадлежала академику Парроту и была вызвана необходимостью обновить состав профессоров научно подготовленными силами. Кроме немногих иностранных знаменитостей, приглашенных в Россию, профессора во всех русских университетах принадлежали к типу московских “комиков”. Один только Дерптский университет стоял в то время на подобающей научной высоте. Поэтому Паррот, бывший раньше профессором физики в Дерптском университете, и выработал проект, чтобы окончивших курс в разных университетах отправляли в Дерпт на два года для специального изучения какой-либо науки. После двухлетнего пребывания в Дерптском университете молодые ученые посылались еще на два года за границу и по возвращении оттуда назначались профессорами. Выбор студентов и окончивших университетский курс для отправления в профессорский институт предоставлялся советам университетов. Всех кандидатов отправляли за казенный счет в Петербург, где они подвергались контрольному испытанию в Академии наук по своей специальности. По выдержании этого испытания они посылались в Дерпт, в противном же случае с совета соответствующего университета взыскивались деньги, издержанные на отправление кандидатов в Петербург.
Как только Московский университет получил предписание министра о выборе кандидатов в профессорский институт, Е. О. Мухин вспомнил о своем protйgй и предложил ему ехать в Дерпт. Пирогов тотчас согласился и выбрал своею специальностью хирургию. Быстрое решение Пирогова обусловливалось тем, что его тяготило семейное положение, что он – на руках матери и сестер, а также и тем, что “московская наука, несмотря на свою отсталость и поверхностность, все-таки оставила кое-что, не дававшее покоя и звавшее вперед”. Окончание курса не сулило впереди никакого обеспеченного положения ввиду отсутствия средств и связей, а между тем даровитого юношу обуревало “неотступное желание учиться и учиться”. Что касается выбора специальности, то Пирогов ввиду того, что другая наука, кроме забракованной Мухиным физиологии, основанная на анатомии, есть хирургия и только хирургия, остановился на последней. В своих воспоминаниях Пирогов сам ставит вопрос: “А почему не саму анатомию? А вот поди, узнай у самого себя, почему? Наверное не знаю, но мне сдается, что где-то издалека какой-то внутренний голос подсказал тут хирургию. Кроме анатомии есть еще и жизнь, и, выбрав хирургию, будешь иметь дело не с одним трупом”.
Когда Пирогов был уже записан в число кандидатов профессорского института, он объявил своим домашним торжественно и не без гордости: “Еду путешествовать за казенный счет”.
К радости юного кандидата, мать и сестры,