В то время как Молотов предъявлял претензии Шуленбургу, генерал армии Жуков, получив доклады от начальников штабов приграничных военных округов, немедленно доложил об этом маршалу Тимошенко и Сталину, который вызвал обоих к себе. В Кремль они приехали, имея на руках проект директивы о приведении войск в полную боевую готовность. По указанию Сталина она была тут же доработана и подписана Тимошенко, Жуковым и членом Главного военного совета Г.М. Маленковым. В директиве, адресованной военным советам Ленинградского, Прибалтийского Особого, Западного Особого, Киевского Особого, Одесского военных округов и в копии – наркому Военно-Морского Флота, отмечалось, что в течение 22–23 июня возможно внезапное нападение немцев с провокационной целью. Поэтому требовалось не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения. Одновременно войскам Ленинградского, Прибалтийского, Западного, Киевского и Одесского военных округов следовало быть в полной боевой готовности, чтобы встретить возможный внезапный удар немцев или их союзников. В ночь на 22 июня предписывалось скрытно занять огневые точки укрепленных районов на государственной границе, рассредоточить перед рассветом по полевым аэродромам и замаскировать всю авиацию, держать войска рассредоточенно и замаскированно. Кроме того, приказывалось привести в боевую готовность ПВО без дополнительного подъема приписного состава, подготовить все мероприятия по затемнению городов и объектов. Какие-либо другие мероприятия без особого распоряжения проводить не разрешалось[113].
Передача директивы в зашифрованном виде из Генштаба в округа закончилась только в 00 часов 30 минут 22 июня. На ее расшифровку требовалось определенное время. А ведь была возможность передать в округа ранее установленный сигнал: «Приступить к выполнению плана прикрытия 1941 г.», что заняло бы всего несколько минут. В штаб Западного Особого военного округа директива поступила в 00 часов 45 минут 22 июня. Через 15 минут командующий округом генерал армии Д.Г. Павлов доложил наркому обороны о том, что в течение последних полутора суток в Сувалкский выступ беспрерывно идут немецкие мотомеханизированные колонны. Тимошенко посоветовал Павлову не паниковать, собрать утром штаб, а если будут отдельные провокации – позвонить. Генерал армии Павлов сразу же приказал командующим армиями привести войска в боевое состояние и занять все сооружения боевого типа, и даже недостроенные железобетонные укрепления. Командующие 3, 4, и 10-й армиями и ВВС округа доложили Павлову, что войска и авиация готовы