Много протекло времени с той поры, как Хоренский по замыслу своих наставников предпринял для изучения греческой мудрости и языка долгое, трудное и дальнее путешествие. В то время многое изменилось в его отечестве, и, когда в 441 году он возвратился в Армению, наставников его, Саака и Месропа, уже не было в живых и славная династия армянских Аршакидов, в лице юного Арташеса III, сына Врамшапуха, пресеклась после 580-летнего существования. Разумеется, в этих смутных обстоятельствах Моисей Хоренский не мог ожидать такой встречи, какую готовили бы ему Саак и Месроп. Забытый, никем не замеченный, предоставленный самому себе, погруженный в свои ученые занятия, в которых искал единственного убежища от бедствий своего времени, Моисей Хоренский долго скитался по своему отечеству – которое в то же время изучал во всех отношениях, – пока наконец в 460 году один из владетельных князей армянских, великолепный Саак Багратуни, бывший в то время марзспаном (правителем) Армении, обратился к нему с предложением написать историю Армении. Утомленный летами и болезнями, старец охотно принялся за этот труд, которым должен был обессмертить и себя, и своего юного мецената.
Как следует из слов самого Моисея Хоренского, последняя половина его жизни, а именно период после возвращения из путешествия, прошла для него бурно и тревожно. Путь науки и в те отдаленные времена не был усеян цветами. Подобно Хоренскому и славные его соученики не могли похвалиться любовью и сочувствием своих современников.
Скорбные жалобы старца на последних, неоднократно вырывающиеся у него в его «Истории Армении», слишком громко говорят о тех преследованиях, на какие способно одно только невежество. Несмотря на это, благородная возвышенная его мысль постоянно была обращена к любимому отечеству, которому он не переставал служить. Многое из разнообразного богатства греческой литературы было пересажено на армянскую почву Моисеем Хоренским, не говоря о самостоятельных его трудах, которые – хотя не все дошли до нас – составляют, однако, лучшее достояние армянской письменности. Поэтому и немногие лучшие люди того времени, преимущественно светские, называли его «вторым Сааком и Месропом». Но не так смотрело на него духовенство: оно не давало ходу Моисею Хоренскому, который до глубокой старости оставался простым архимандритом. Многосторонняя его ученость, разнообразные по содержанию сочинения, святость жизни – все это служило к сильнейшему возбуждению негодования тогдашнего армянского духовенства по отношению к Хоренскому и бросает безрадостный свет на отношения нашего автора к духовенству, которое не давало ему покоя, подвергая его гонениям от места к месту. Наконец гонители его как бы утомились, смягчились, возвели его в епископский сан, назначив епископом Багревандским и Аршаруникским на место Езника Кохбского. Но, как видно, не долго довелось ему управлять этим своим жребием и не долго было примирение с ним духовного начальства. По кончине его, последовавшей, по свидетельству хронографа Самуила Аниского, в 493 году, кости многострадального мужа были вырыты из могилы и брошены в реку[4]. Лазарь Парпский, сообщивший нам эти подробности, заключает печальную повесть о последних днях Моисея