Останки царской семьи были официально найдены лишь в 1991 году – тогда было обнаружено девять тел, зарытых на Поросёнковом логу. 5 июля 1991 года начался новый отсчёт времени в установлении истины о гибели царской семьи и их приближённых. После согласования с Ельциным Свердловский облисполкомом выделил деньги на необходимые работы по изъятию останков и созданию соответствующей группы для проведения раскопок.
С 11 по 13 июля 1991 года захоронение в Поросёнковом логу на старой Коптяковской дороге было вскрыто, царские останки изъяты и доставлены в Республиканский центр судебно-медицинской экспертизы для описания и идентификации.
Событие тут же превратилось в мировую сенсацию.
В 1993 году Борис Ельцин назначает правительственную комиссию по идентификации останков царской семьи, в которую вошли наряду с учёными и историками представители российской интеллигенции и Русской православной церкви. Возглавил комиссию Борис Немцов.
Официально правительственная комиссия завершила свою работу в январе 1998 года. После многочисленных генетических экспертиз в России и за рубежом комиссия пришла к выводу, что останки, найденные Гелием Рябовым и Александром Авдониным под Екатеринбургом, принадлежат последним Романовым. Тогда же было принято решение об их захоронении в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга. В январе 1998 года президент позвонил патриарху Алексию II и попросил принять членов правительственной комиссии. Эта встреча состоялась 28 января в резиденции патриарха в Чистом переулке. К патриарху прибыли четверо: председатель комиссии вице-премьер правительства Борис Немцов, его советник Виктор Аксючиц, историк Александр Шубин и старший советник юстиции, прокурор-криминалист Генеральной прокуратуры Владимир Соловьёв. Он был единственным из гостей патриарха, кто не входил в состав правительственной комиссии, желая сохранить полную независимость в выводах. Основная тяжесть расспросов легла на плечи Соловьёва – он оказался наиболее подготовленным по всем вопросам. Разговор длился около двух часов. Наконец патриарх прервал вопросы и сказал, положив руку на записку Генеральной прокуратуры: «Достаточно. Вы меня убедили. Это на самом деле императорская семья. С этим вопросом все ясно. Остаётся решить, когда и где необходимо произвести захоронение». Патриарх согласился с тем, чтобы церемония состоялась в 80-ю годовщину расстрела царской семьи, то есть 17 июля 1998 года.
Накануне, 16 июля, Борис Ельцин обратился по телевидению к россиянам:
«Долго раздумывая, разговаривая с гражданами России, историками и работниками культуры, я пришёл к выводу, что мне надо поехать в Санкт-Петербург на захоронение останков Николая II и его семьи. Я считаю это покаянием нашего поколения перед ними. 80 лет эту правду скрывали. И надо завтра эту