Изменение обстановки на Черном море началось уже в январе 1943 года. В сложившихся условиях на первое место выдвинулась задача воспрепятствовать эвакуации войск противника морским путем. С этой целью подводные лодки были переразвернуты из западной части Черного моря в район Феодосии.
В ходе кампании 1943 года подводные лодки Черноморского флота совершили 102 Боевых похода, большинство которых пришлось на действия у южного побережья Крыма. Было выполнено восемьдесят семь торпедных атак. Подводные лодки потопили и повредили двадцать семь транспортов и других легких судов, уничтожили восемнадцать боевых кораблей и вспомогательных судов противника.
Районами действий подводных лодок в 1944 году являлись: мыс Тарханкут – Севастополь – южный берег Крыма. В эту часть акватории Черного моря за два месяца (январь и февраль) подводные лодки совершили 17 Боевых походов. Из семи выполненных торпедных атак три были успешными.
Развертывание подводных лодок для участия в Крымской операции началось 11 апреля 1944 года. Первыми вышли в поход Л-6, М-35, М-111 и А-5, за ними – М-62. Находившиеся в море С-31 и Щ-215 заняли места в соответствии с общим планом операции. До 9 мая 1944 года было развернуто еще шесть подводных лодок: М-55, Л-4, М-54, Щ-202, Щ-201 и С-33. Боевые действия подводных сил в операции можно характеризуются как исключительно напряженные: за двадцать восемь суток было выполнено пятьдесят торпедных атак, потоплено двадцать три транспорта противника.
В конце Второй мировой войны в состав Подводных Сил Черноморского флота входили 1-я Севастопольская Краснознаменная Бригада подводных лодок и 2-я Констанцкая ордена Ушакова Бригада подводных лодок. В марте 1947 года 1-я Севастопольская Краснознаменная Бригада подводных лодок была переформирована в 1-й отдельный Севастопольский Краснознаменный дивизион.
27 января 1951 года в соответствии с директивой начальника Морского Генерального Штаба была установлена новая организация соединений подводных лодок Черноморского флота. На основе 2-й Бригады было создано управление 21-й Констанцской ордена Ушакова I степени дивизии подводных лодок. В её состав вошли три отдельные Бригады подводных лодок.
В 1956 году в Севастополе 21-я дивизия подводных лодок имела 3 Бригады подводных лодок в Севастополе, Балаклаве и Феодосии. 1 июня 1956 года на базе сокращённого управления 21-й дивизии подводных лодок в Балаклаве было сформировано управление 155-й отдельной Констанцской ордена Ушакова Бригады подводных лодок, в состав которой вошли подводные лодки расформированной 151-й Бригады подводных лодок.
30