До 3-го класса Саша обучался в гимназии; в 1888 г. был зачислен в Морской кадетский корпус, переименованный в Морское училище. Особое влияние на выбор флотской службы оказали его отец и его дядья: капитан 1 ранга Петр Иванович Колчак, генерал-майор по морскому ведомству Александр Иванович Колчак, контр-адмирал Александр Федорович Колчак, а также родственник матери контр-адмирал Сергей Андреевич Посохов.
В Морском училище Александр серьезно изучал точные науки, штурманское дело и навигацию, практиковался в Кронштадтской морской обсерватории и по окончании курса обучения был среди первых. Вот излюбленные исследователями жизни адмирала Колчака свидетельства. Говорит его однокашник Д. В. Никитин, ставший контр-адмиралом: «Кадет, среднего роста, стройный, худощавый брюнет с необычайным, южным типом лица и орлиным носом поучает подошедшего к нему высокого плотного кадета. Тот смотрит на своего ментора с упованием… Ментор этот, один из первых кадет по классу, был как бы постоянной справочной книгой для его менее преуспевающих товарищей. Если что-нибудь было непонятно в математической задаче, выход один: «Надо Колчака спросить». Вот вспоминает кадет младшей роты М. Смирнов, ставший контр-адмиралом: «Колчак, молодой человек невысокого роста с сосредоточенном взглядом живых и выразительных глаз, глубоким грудным голосом, образностью прекрасной русской речи, серьезностью мыслей и поступков внушал нам, мальчикам, глубокое к себе уважение. Мы… чувствовали в нем моральную силу, которой невозможно не повиноваться, чувствовали, что это тот человек, за которым надо беспрекословно следовать. Ни один офицер-воспитатель, ни один преподаватель корпуса не внушал нам такого чувства превосходства, как гардемарин Колчак. В нем был виден будущий вождь».
По окончании Морского училища в 1894 г. Александр Васильевич наряду со своими сокурсниками был высочайше удостоен офицерского чина мичман и причислен к Санкт-Петербургскому 7-му флотскому экипажу, а спустя несколько месяцев его назначили помощником вахтенного офицера на достраивавшийся в Кронштадте крейсер 1-го ранга «Рюрик». Следует заметить, что русский флот славился, прежде всего, тем, что выпускники морских учебных заведений империи считали за высокую честь служить на боевых кораблях. И важна здесь не так высокая материальная оценка, сколько нравственная. Броненосный флот, куда относился и крейсер «Рюрик», являлся самым эффективным среди всех флотов конца XIX века.
Но пылкая юношеская радость была омрачена