После окончания учёбы И.И.Фисанович вновь прибыл на Север. 22 июля 1941 года был назначен командиром подводной лодки М-172. 21 августа 1941 года М-172 первой проникла во вражескую гавань Лиинахамари и торпедировала транспорт, стоявший у пирса. Спустя сутки подводная лодка под носом у вражеских батарей отправляет на дно Баренцева моря паровую яхту противника. И.И.Фисанович не только первым прорвался по узкому длинному фьорду во вражеский порт Петсамо, но и первым среди командиров Бригады подводных лодок Северного флота потопил за один поход два транспорта врага.
За 2 года под командованием Израиля Фисановича М-172 совершила семнадцать Боевых походов. Было потоплено два крупных боевых корабля, десять судов и один танкер противника – всего тринадцать единиц. Были выполнены задания по эвакуации и десантированию разведовательных групп в тыл фашистов. Все члены экипажа М-172 были награждены орденами и медалями, многие неоднократно. Подводная лодка М-172 была награждена орденом Красного Знамени, а в июле 1943 года стала гвардейской.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 апреля 1942 года за мужество и отвагу, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, Фисановичу Израилю Ильичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№-658). Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 апреля 1942 года флаг подводной лодки М-172 украсил орден Красного Знамени, а в апреле 1943 года приказом наркома Военно-Морского флота Краснознамённая подводная лодка М-172 была преобразована в гвардейскую. В истории отечественного флота имелось всего 4 гвардейских Краснознамённых корабля и один из них подводная лодка тип «М» – М-172.
В июле 1943 года капитан 2-го ранга Израиль Ильич Фисанович вступил в должность командира дивизиона Бригады подводных лодок Северного флота. Член президиума Еврейского антифашистского комитета. В 1944 году И.И.Фисанович по каким-то причинам временно подменял штатного командира подводной лодки Л-20. Весной 1944 года капитана 2-го ранга И.И.Фисановича командировали в Великобританию, где англичане должны были передать Советскому Союзу в счёт репараций с Италией четыре английские подводные лодки. Их нужно было изучить и переправить своим ходом на советскую военную базу.
И.И.Фисанович, несмотря на то, что получил высокое звание Героя Советского Союза, был очень общительным и веселым человеком. По отзывам современников, ему был доступен любой круг общения, от высших офицеров до матросов, везде он считался своим. Его перу принадлежат книги о моряках-подводниках «Записки подводника» и «История малютки», которые были написаны в годы Великой Отечественной войны. Он также писал стихи, не был лишен чувства юмора. Сам он, по воспоминаниям современников, говорил, что в подводной службе как раз