Закладка южного корпуса приюта состоялась 5 сентября 1903 г. А в 1906 г. здание было достроено[100]. Новый паломнический приют мог вместить 1218 человек и стоил Палестинскому обществу 168546 рублей.
Южный корпус подворья, названный позже Николаевским, представляет собой вытянутое с запада на восток каменное здание, центральная часть которого выше фланкирующих ее крыльев за счет невысокой мансарды. Новый корпус был соединен с мужским паломническим приютом переходом с проездной аркой. В подворье были общие палаты для паломников и комнаты 3 класса. Ширина корпуса – 15 м, две лестничные клетки расположены поперек корпуса в центральной части здания. Общая протяженность корпуса около 100 м. К северу от Николаевского подворья располагались каменные и железные бараки.
Западный фасад здания, выходящий на Яффскую улицу, – самый парадный. Окна первого этажа западного торцового фасада представляли собой широкие витрины, простенки между которыми были украшены филенками. Окна второго и третьего этажей были прямоугольными, обрамленными наличниками с замковыми камнями как на Сергиевском подворье. Он напоминает фасад доходного дома, с магазинами на первом этаже и с жилыми помещениями на втором и третьем этажах. В центральной части расположены небольшие балконы с металлическими решетками. Углы здания – рустованные, прямоугольные оконные проемы с лучковой перемычкой обрамлены наличниками и сандриками с замковыми камнями. На южном фасаде центральной части здания на первом и втором этажах были устроены открытые галереи с входами в общие палаты для паломников.
В настоящее время собственностью России в Русском подворье являются только здания Троицкого собора и Русской Духовной Миссии.