Очень ценным архивохранилищем является Политический архив Министерства иностранных дел в Бонне (Politisches Archiv des Auswärtigen Amts Bonn – АА), где хранятся десятки дел с аналитическими записками, отчетами, письмами, телеграммами немецких дипломатических служб о религиозной ситуации в странах Восточной и Центральной Европы, в том числе в Греции (Inland I-D, 4740–4742, 4797–4800 и др.).
В архиве Института современной истории в Мюнхене (Institut für Zeitgeschichte München – IfZ) сведения о церковной ситуации в оккупированной Греции содержатся в материалах немецкого военного командования (MA 1039), Главного управления имперской безопасности (МА 447, 558, Fа 231/3) и Внешнеполитической службы «Восток» (МА 128).
С помощью греческих исследователей автору удалось посмотреть хранящиеся в Историческом архиве Священного Синода Элладской Православной Церкви (Historical Archives of the Holy Synod of the Greek Church – HAHS) в Афинах материалы Синода этой Церкви за годы Второй мировой войны.
Кроме того, была предпринята поездка в Софию, где автор работал в Государственном архиве Болгарии. Здесь были изучены как фонды занимавшихся церковными делами учреждений и ведомств этой страны, так и документы самой Болгарской Православной Церкви 1930-х – 1945 гг., в том числе переписка ее Священного Синода с русскими и болгарскими обителями на Святой Горе (ф. 791к).
Историю русских обителей Афона и русских церковных общин на территории Греции и Турции можно изучать и по материалам советских или русских эмигрантских организаций, хранящимся в трех московских архивах – Государственном архиве Российской Федерации (ГАРФ), Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ) и Российском государственном