Принимал участие в русско-шведской войне 1788—90 г.
14 апреля 1789 г. – контр-адмирал.
Отличился в Ревельском и Выборгском морских сражениях.
С 1791 г. командовал морским эскадроном из пяти линейных кораблей и пяти фрегатов.
2 сентября 1793 г. – вице-адмирал.
5 декабря 1793 г. – главный командир Балтийского гребного флота.
В 1795 г. крейсировал у берегов Англии во главе эскадры из 12 линейных кораблей и 8 фрегатов.
10 февраля 1798 г. – член Специальной комиссии для рассмотрения штатного положения о запасных вещах в кампанию.
9 мая 1799 г. – адмирал Белого флага, командующий Балтийского флота.
В 1801 г. назначен главным командиром Кронштадского порта и директором Штурманского училища балтийского флота.
В 1808 г. назначен ответственным за охрану Санкт-Петербурга и Кронштадта с моря и должен был действовать против англо-шведской эскадры в Финском заливе, но «за неисполнение Высочайших предписаний» был подвергнут суду Адмиралтейств-коллегии, признавшей его виновным «в неосмотрительной оплошности, слабости в командовании, медлительности и нерешительности» и приговорившей к разжалованию на месяц (приговор конфирмован не был).
В 1809 г. вышел в отставку.
По свидетельству историка полковника Эразма Ивановича Стогова (1797—1880): «Ханыков был флагманом во время сражения с англичанами; за потерю корабля „Всеволод“ он был предан суду. Флот оправдывал Ханыкова; он приказал кораблю, бывшему на ветре, подать помощь „Всеволоду“, но капитан струсил и не пошёл. Суд приговорил Ханыкова разжаловать в матросы. Государь приказал разжаловать его на 12 часов, но приказа не объявлять».
Все тот же Эразм Стогов пишет о Ханыкове – «Слыл добрейшим человеком и про него ходило множество анекдотов: «Ханыков ежедневно вставал очень рано, обходил рынок, осматривал продающуюся провизию, проверял цены, покупал связку кренделей и у повивальной бабки пил кофе. Дома дожидалась его на завтрак яичница. Раз приходит мичман с рапортом; долго ждал, соблазнился яичницей, съел и ушёл. Ханыков, не найдя яичницы и узнав, что съел мичман, не сказал ни слова, но приказал звать мичмана кушать яичницу каждое утро; мичман приходил, ел и уходил. Так продолжалось полтора месяца. Наступили холода, дожди; на призыв мичман отвечал, что сегодня не пойдёт. Являются ружейные и под караулом привели мичмана к Ханыкову. Тот имел привычку щёлкать пальцем правой руки промежду сложенных пальцев в кулак левой руки и при этом относился ко всем: «Душенька». И в этом случае Ханыков сказал мичману: «Душенька, душенька, как же ты смел ослушаться, ведь тебя звали к главному командиру», – посадил его под арест в Кроншлоте и на столько дней, сколько он съел яичниц»; «К Ханыкову часто приезжал государь Александр Павлович и обедал. Тогда очень строго был запрещён привоз спиртных напитков и портера. Говорят, государь очень любил портер. Ханыков подзывает камердинера и говорит: «Как мы были последний раз в Англии, то должно быть, осталась одна