Папский престол, хотя и вынужден был под напором общественного мнения прикрыть в своих владениях трибуналы инквизиции, продолжал до самых последних дней существования папского государства (1870) отстаивать своё право на преследование еретиков и применение к ним «принудительных мер», т. е. продолжал отстаивать право на существование инквизиции. В апостолическом письме от 22 августа 1851 г. Пий IX осуждал тех, кто пытается «лишить церковь внешней юрисдикции и власти принуждать, данной ей для обращения грешников на путь истинный». А в печально известном «Силлабусе»[26] предаются анафеме все те, кто утверждает, что «церковь не имеет права пользоваться силой»[27].
В конце XIX в., когда католическая церковь при папе Льве XIII перестроилась и вступила в союз с буржуазией для совместной борьбы с революционным рабочим движением, её идеологи отважились вновь выступить в защиту «священного» трибунала. Многие из них, как мы уже показали, повторяют, аргументацию своего наиболее блистательного, но столь же неудачливого предшественника Жозефа де Местра. Другие, в особенности из числа пресловутых борцов против коммунизма, восхваляют инквизицию за «действенность» её методов в борьбе с еретиками.
На «ортодоксальных» позициях защитника инквизиции стоял известный испанский историк и литературовед Марселино Менендес-и-Пелайо (1856–1912), взгляды которого по этому вопросу изложены в его четырёхтомном труде по истории испанских еретических учений[28], опубликованном в конце 70-х годов прошлого столетия. Хотя это сочинение было написано Менендесом-и-Пелайо в 20-летнем возрасте, оно основано на огромном количестве первоисточников и считается в своём роде классической работой. Подробно рассматривая различного рода ереси, существовавшие в Испании с первых веков христианства вплоть до XIX столетия включительно, автор не только оправдывает их преследование, но даже превозносит и прославляет действия инквизиции.
Взгляды по этому вопросу Менендеса-и-Пелайо заслуживают внимания, так как его аргументацией всё ещё пользуются клерикальные и церковные авторы, защищающие «честь и славу»