Хотя большинство экспертов и обывателей высоко оценивают реставрацию фресок Сикстинской капеллы, у нее есть и ярые противники. Так, профессор Колумбийского университета и художественный критик Д. Бек утверждает, что реставраторы убрали тени и испортили цвета. Назвав дореставрационные изображения Христа и Девы Марии высшими проявлениями западной культуры, Бек добавил, что теперь их больше нет, так как светотень и объем всей работы были полностью изменены. Бек также выразил опасения по поводу непоправимых и непредвиденных повреждений и изменений, которым могло подвергнуться полотно из-за применения непроверенных растворителей и акрилового герметика. Сокрушаясь о бесцеремонности современных методов, автор вспоминает о безвредных, но ушедших от нас техниках реставрации, например об очистке фресок хлебом, смоченным в вине. Бек также напоминает, что реставрация Сикстинской капеллы – это не первая попытка восстановить ее первозданный образ [Shulman 1994; Beck 1987].
В прошлом люди уже подправляли фрески Микеланджело. Их периодически чистили, а всего через 23 года после того, как мастер закончил работу, поверх чресл обнаженных фигур были «благоразумно» добавлены набедренные повязки. Современные реставраторы вернули героям фрески изначальную наготу. Но остается множество вопросов относительно реставрационной этики. Что ценнее – утративший краски оригинал или качественная репродукция? Подлежат ли удалению любые элементы, дефекты и нововведения, не входившие в задумку автора, или же стоит оставить их до тех пор, пока новые технологии не смогут обеспечить более точный и надежный реставрационный процесс? Современные галогенные лампы – приемлемая замена средневековым масляным светильникам?
Споры вокруг Сикстинской капеллы находят отражение и в другой сфере реставрации – экологической. Во время своей деятельности экологи-реставраторы сталкиваются с подобными (и не менее сложными) вопросами. Это то, что иногда называют дилеммой Сикстинской капеллы: реставраторы задаются вопросом, в какой степени можно возвращать природным системам их первоначальные формы. Возможно ли восстановить высокотравные прерии на сельскохозяйственных угодьях, где уже больше 100 лет выращивают кукурузу и люцерну? Вернуть тропические леса на