При первом же знакомстве с паствой отец Иоанн увидел, что здесь ему предстоит не меньшее поле для самоотверженной и плодотворной пастырской деятельности, нежели в далеких языческих странах. Безверие, иноверие и сектантство, не говоря уже о полном религиозном равнодушии, процветали тут. Кронштадт был местом административной высылки из столицы разных порочных людей. Кроме того, там много было чернорабочих, работавших главным образом в порту. Все они ютились, по большей части, в жалких лачугах и землянках, попрошайничали и пьянствовали. Городские жители немало терпели от этих морально опустившихся людей. Ночью не всегда безопасно было пройти по улицам, ибо был риск подвергнуться нападению грабителей.
«Нужно любить всякого человека и в грехе его, и в позоре его, – говорил отец Иоанн. – Не нужно смешивать человека – этот образ Божий – со злом, которое в нем»… С таким сознанием он пошел к людям и шел всю жизнь, всех побеждая и возрождая силой своей истинно пастырской состраждущей любви.
На, казалось бы, нравственно погибших людей, презираемых всеми, обратил свое внимание исполненный духа подлинной Христовой любви великий пастырь. Ежедневно стал он бывать в их убогих жилищах, беседовал, утешал, ухаживал за больными и помогал им материально, раздавая все, что имел, нередко возвращаясь домой раздетым и даже без сапог. Эти кронштадтские «босяки», «подонки общества», которых отец Иоанн силою своей сострадательной пастырской любви опять делал людьми, возвращая им утраченный ими человеческий образ, первыми открыли святость отца Иоанна.
Такой необычный пастырский подвиг молодого пастыря стал вызывать нарекания и даже нападки на него со всех сторон. Многие долго не признавали искренности его настроения, глумились над ним, клеветали на него устно и печатно, называли его юродивым. Но все эти испытания и глумления отец Иоанн мужественно переносил, ни в чем не изменяя принятого им образа жизни. И, с Божией помощью, он победил.
Свое служение милосердия отец Иоанн не оставлял никогда. Он не понаслышке знал, что такое нужда и нищета. Огромные суммы, которые ему жертвовали уже как всенародно известному праведнику и пастырю, он тратил на бедных. Ежедневно кормил тысячу нищих. Устроил в Кронштадте замечательное учреждение – Дом Трудолюбия, со школой, церковью, мастерскими и приютом. При этом Доме имелись лечебница, курсы для обучения ремеслу, школы для детей (на 300 человек) и для взрослых, ночлежный и странноприимный дом. Не забывал праведный Иоанн и свою родину – Суру. Часто приезжал туда. Открыл там лавку, где продавались по дешевой цене необходимые в крестьянском