В это время на Ближнем Востоке одни завоеватели сменяли других. На Восточную Римскую империю (она же Византия) постоянно кто-то нападал. Это были и турки-сельджуки, и печенеги, и гузы, и даже норманны. Набирали силу и сарацины. Они разоряли города и христианские святыни в них, убивали христиан.
Именно поэтому в 1087 году барийские и венецианские купцы на разных кораблях отправились в Антиохию за мощами святого. Отправились они после того, как одному священнику из Бари во сне явился святой Николай и повелел перенести его мощи в этот город. Плыли купцы кружным путем, побывали и в Египте, и в Палестине. Скрывались купцы из Бари не столько от неверных, сколько от венецианцев, которые тоже хотели забрать мощи святого себе.
Приплыв к городу Миры, купцы сначала отправили на разведку двух человек, которые осмотрели церковь и, вернувшись, сказали, что мощи охраняют только четверо пожилых монахов, а больше никого и нет. Тогда 47 человек, вооружившись, отправились в храм святителя Николая. Сначала они предложили монахам 300 золотых монет, чтобы те позволили забрать мощи, но монахи отказались. Тогда благочестивые христиане связали монахов и под угрозой пыток заставили одного из них указать им местонахождение гробницы святого, поскольку захоронений в церкви было несколько.
Это была гробница белого мрамора. Когда ее взломали, то она оказалась до краев наполнена благоуханным миром, в которое были погружены мощи святителя. Поскольку мраморный саркофаг унести было невозможно, мощи переложили в заготовленный ковчег и унесли. Как выяснилось гораздо позже, часть мощей все-таки осталась в Мирах Ликийских.
Обратный путь занял двадцать дней, и 8 мая 1087 года экспедиция вернулась в Бари. На следующий день святыне была устроена торжественная встреча при участии духовенства и жителей города. Вначале мощи святителя были помещены в церкви святого Евстафия. Сразу же начали строить новый храм во имя святителя Николая, куда через два года и перенесли его мощи. Это сделал сам папа Римский Урбан Второй 1 октября 1089 года. Однако базилика храма строилась еще больше ста лет и была освящена только 22 июня 1197 года.
Служба святителю, совершаемая в день перенесения его мощей из Мир Ликийских в Барград 9 мая по старому стилю (22 мая по новому), была составлена в 1097 году русским православным иноком Печерской обители Григорием и русским митрополитом Ефремом.
До сих пор святые мощи хранятся в базилике святого Николая в Бари. Там же находится и православная церковь Николая Чудотворца. Часть мощей осталась в Турции в храме святого Николая в Демре, так как все мощи похитить не успели.
Венецианцы тоже побывали в Мире, уже после барийских купцов, во время Первого Крестового похода. Они собрали оставшиеся в саркофаге мелкие фрагменты мощей и перевезли их в Венецию, где была построена церковь святого Николая –