Несмотря на то, что Круглов С.Н. находился в войсках, руководство Наркомата внутренних дел не забывало о нём, и в столь горячее время приказом от 7 августа 1941 года опытный в кадровых делах заместитель наркома был назначен председателем Центральной аттестационной комиссии НКВД СССР. Очевидно, вопрос о кадрах был крайне важен в связи со сложившейся фронтовой обстановкой и неожиданной сдачей в плен значительной части армии во главе с восемью десятками генералов и почти двумястами тысячами командиров. Видимо, эти, не известные нам ранее, чрезвычайные обстоятельства вынудили Сталина И.В. сделать заявление о том, что «у нас нет военнопленных, у нас есть изменники Родины». Наркомату внутренних дел поручили создать фильтрационные лагеря для проверки военнослужащих, возвращавшихся из плена или побывавших на территории, занятой противником. Приказом Верховного Главнокомандующего до сведения всех находившихся на фронте красноармейцев и командиров доводилось, что их семьи в тылу становились заложниками их поведения на фронте. В случае сдачи в плен родственники могли подвергнуться репрессиям. За отказ от выполнения боевого приказа военнослужащий мог жестоко караться, вплоть до расстрела на месте [52].
В связи с неудержимым продвижением армии вермахта по нашей территории 12 августа 1941 года было принято совместное постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) «О расселении немцев Поволжья в Казахстане», которое несколько позднее узаконил указ Президиума Верховного Совета СССР. Несмотря на сложную обстановку, для реализации этой акции были выделены десятки тысяч сотрудников НКВД. С 3 по 20 сентября 1941 года были организованы многочисленные эшелоны, в которые погрузили 438700 мужчин, женщин и детей и отправили в Казахстан, а частично также в Красноярскую, Новосибирскую, Омскую области и на Алтай.
Одновременно с этим начались операции по высылке советских немцев, а заодно и финнов, из Ленинграда и области. В сентябре депортации подверглись советские немцы из Москвы и Московской области, затем из Ростовской, Тульской, Запорожской, Сталинградской и Ворошиловградской областей и с Северного Кавказа. К 1942 году на спецпоселениях числилось более одного миллиона советских немцев, причем 800 тысяч из них составляли репатрианты из Европейской части СССР, а остальные ранее проживали на востоке страны, но их без переселения тоже зачислили в «спецконтингент». Десятки тысяч депортированных взрослых немцев, включая женщин, затем мобилизовали в строительные колонны НКВД, в так называемую «трудармию», сочетавшую в себе элементы военных формирований, трудовой деятельности и лагерного режима содержания [45].
На основании постановления ГКО от 22 августа 1941 года для руководства возложенным на НКВД строительством оборонительных сооружений было образовано Главное управление оборонительных работ (ГУОБР) НКВД СССР. Приказом наркома начальником ГУОБРа назначили комиссара госбезопасности III ранга Павлова