На Западе античная философия была приоритетным предметом исследований философов и филологов весь XIX век. Престиж античной философии был таким, что даже З. Фрейд переводил Платона с древнегреческого. В конце XIX века появился авторитетный «Очерк истории греческой философии» Эдуарда Целлера. О Пифагоре, при всей источниковедческой эрудиции автора, не сообщается почти ничего. «История Пифагора, – писал Целлер, – уже рано была затемнена, и с течением времени всё более затемнялась столь многими неисторическими сказаниями и догадками…» [Целлер, 1996, с. 43]. Отдавая себе отчет в том, что философию Пифагора в истории философии пропустить нельзя, Э. Целлер поступил традиционно: пересказал биографию. В качестве своего личного мнения автор знаменитого «Очерка» высказал несколько критических замечаний. Во-первых, исторических сведений о путешествиях Пифагора в Египет нет. Во-вторых, учение о переселении душ эллины знали и без Пифагора; соответственно, и Пифагор их знал без всяких путешествий в Египет. Полемика, затеянная Э. Целлером, носит частный характер и является продолжением тезиса о том, что «греческая философия носит всецело национальный характер» [Целлер, с. 22]. По отношению ко всей греческой философии этот тезис верен, по отношению к Пифагору не верен. Уже «теорема Пифагора» не греческая, доступная узкому кругу людей далеко от Эллады. Предполагать, что это не Пифагор ездил в Египет к жрецам, а жрецы приезжали в Грецию, где сообщили попавшемуся им на глаза Пифагору теорему по геометрии, было бы более чем странно.
Если обратиться к трудам другого крупного специалиста по античной философии, Теодору Гомперцу, то в его работе «Греческие мыслители» наблюдается явное желание наполнить предполагаемую «философию Пифагора» конкретным содержанием. Как бы возражая Целлеру, Гомперц пишет: «Было бы странным, если бы столь горячий адепт математики не посетил её родину – Египет…» [Гомперц, 1999, с. 109]. Выступая в интересах апологии Пифагора, Гомперц старается развести Пифагора и «пифагорейцев»: «Старшие пифагорейцы, славившиеся своими суеверными склонностями и недостатком критики, были тяжеловесными и неуклюжими умами. Больше, чем другие ученики, они клялись словами своего учителя: «он сам сказал» – этот излюбленный их возглас был для них магическим щитом…» [Гомперц, 1999, с. 119]. Учение «о переселении душ», которым в XIX веке попрекали Пифагора как «религиозного мракобеса», Гомперц, во-первых, признает за Пифагором и, во-вторых, связывает не с религией, а с такими явлениями как «состояния сна, экстаза, одержимости»