28 июня 1796 г. награждён чином подполковника.
8 ноября 1796 г. – генерал-майор, комендант Санкт-Петербурга.
5 апреля 1797 г. возведён в баронское достоинство с назначением лейб-гвардии Преображенского полка.
18 марта 1798 г. – генерал-лейтенант и генерал-квартирмейстер.
4 января 1799 г. – командир лейб-гвардии Артиллерийского батальона и генерал-инспектор артиллерии.
5 мая 1799 г. пожалован графским титулом с девизом «Без лести предан».
1 октября того же года за укрывательство вины своего брата генерал-майора Андрея Андреевича Аракчеева (1772—1814) по делу о хищениях из Арсенала отставлен от службы!
Вновь принят на ту же должность только 15 мая 1803 г.
Его усилиями русская артиллерия была подготовлена к войне 1805 г., оперативно реорганизована и доучена с учётом опыта этой войны.
27 июня 1807 г. произведён в чин генерала от артиллерии и наделён правом издавать указы по артиллерийской части от имени Государя.
13 января 1808 г. заменил генерала Сергея Кузьмича Вязмитинова (1744—1819) на посту министра военных сухопутных сил и назначен генерал-инспектором всей пехоты и артиллерии.
30 августа 1808 г. Ростовский мушкетёрский полк назван в его честь мушкетёрским (а с января 1811 года – гренадёрским) графа Аракчеева полком!
18 января 1810 г. – председатель Военного департамента Государственного совета.
Во время Отечественной войны 1812 г. находился при императоре Александре I в Императорской Главной квартире, заведовал комплектованием войск и ополчения.
В ходе Заграничных походов 1813—14 гг. исполнял обязанности начальника Императорской походной канцелярии, присутствовал в сражениях при Люцене и Бауцене.
При вступлении союзных войск в Париж император Александр подписал указ о производстве Аракчеева в генерал-фельдмаршалы, но последний, ссылаясь на то, что непосредственно войсками не командовал, упросил государя отменить указ и принял в качестве награды портрет императора с бриллиантами «для ношения на шее».
С 1815 г. в связи с частыми отлучками Александра I за границу, фактически руководил Государственным советом и Комитетом министров.
С 1817 г. – главный начальник военных поселений, лично руководил подавлением выступлений военных поселян.
После смерти Александра I подвергся опале и был отстранён от дел!
Весной 1826 г. вышел в отставку и поселился в своём имении Грузино Тихвинского уезда, где занимался хозяйством.
Из «Записок» генерал-майора Николая Александровича Саблукова (1776—1848): «По наружности Аракчеев похож на большую обезьяну в мундире. Он был высок ростом, худощав и жилист; в его складе не было ничего стройного; так как он был очень сутуловат и имел длинную тонкую шею, на которой можно было бы изучать анатомию жил, мышц и тому подобное. Сверх того, он как-то судорожно морщил подбородок. У него были большие, мясистые уши, толстая безобразная голова,