По приказу Петра I дважды в день по полудни и при закате солнца на главном корпусе Навигацкой школы – Сухаревой башне звучала музыка (так закладывались традиции; отсюда позже – во время подъема и спуска флага на кораблях матрос-горнист играл «зорьку»). Чтобы подчеркнуть важность воспитания и образования будущих морских офицеров, Государь находил время для посещения спектаклей и бесед с учениками. Важным элементом государственной политики Петр Великий считал личное участие в организации образовательного процесса, личный отбор кандидатов в Навигацкую школу и назначение ее выпускников на корабли флота.
Но опыт обучения в этой школе, как и опыт службы офицеров на кораблях показал и существенные пробелы в их профессиональном образовании. Прежде всего ученики не имели единой формы одежды, жили они по домам, т. к. не было казарм, что создавало определенные трудности. Если дети разночинцев принимались в начальный класс, то дети дворян, ввиду домашнего образования, как правило, зачислялись в старшие классы. Все ученики, вне зависимости от их будущего предназначения, обучались по общим программам; при этом ежегодных общих выпусков из школы не производилось, не было и учебной практики на кораблях. Повелось так, что открывавшиеся вакансии на кораблях замещались наиболее подготовленными выпускниками.
С закладкой на Заячьем острове крепости Санкт-Питербурх 16 мая 1703 г. и Адмиралтейской верфи 5 ноября 1704 г. начал формирование облик северной столицы империи, как центра кораблестроения, центра боевого флота и военно-морского образования. Петру Великому потребовалось девять лет на то, чтобы в тяжелейших условиях войны, в сущности на линию фронта перенести столицу Русского государства из первопрестольной Москвы в Санкт-Петербург. Национальные интересы государства настоятельно требовали решать триединую задачу в едином центре: строить флот, готовить кадры морских офицеров и формировать государственную политику России на века.
Уже к 1715 г. военный флот России одержал ряд морских баталий и вырвался на оперативный