Упреждающим вводом регулярных войск и жандармерии путч удалось подавить. Но давление Берлина на Прагу и начавшаяся оккупация Чехии позволила словацким сепаратистам реализовать свои планы, в результате чего Словакия провозгласила независимость и отделилась от Чехии, формально став суверенным государством, но фактически превратилась в вассала Германии. Сразу же после этого события по всей Словакии прокатились еврейские и чешские погромы.
23 марта в Берлине был подписан словацко-германский договор «Об охране Словакии», который по существу означал конец её самостоятельности. На основании этого договора Германия получила право строить на территории Словакии свои военные базы, контролировать внешнюю и внутреннюю политику. В экономическом отношении страна быстро превратилась в аграрно-сырьевой придаток Германии.
В первый же день захвата Праги в бывшей столице Чехословацкой республики начали действовать германская полиция и гестапо. За несколько дней было арестовано около 7 000 человек. Рейхсфюрер СС Гимлер заявил, что надо произвести 10 000 арестов.
В основном, в тюрьмы попали антифашисты и сторонники экс-президента Бенеша. В их числе бывший начальник отдела печати министерства иностранных дел Гаек и председатель Общества друзей СССР доктор Врбенский. Параллельно гестапо выпустила на свободу всех арестованных за последние месяцы членов фашистских организаций.
С момента оккупации началась обычная для попавших под юрисдикцию Германии государств бюрократическая чистка. Из государственных учреждений, банков и администраций предприятий были изгнаны «евреи и марксисты». Адвокатская гильдия Праги вынесла решение о лишении всех евреев-адвокатов практики.
18 марта был опубликован текст декларации об управлении Чехией и Моравией, подписанный Гитлером, Согласно этой декларации, немцы, проживающие на территории «протектората Чехия и Моравия», становились германскими гражданами. Остальные жители оставались гражданами «протектората». На немцев распространялись фашистские законы «об охране германской расы». Для них же создавались специальные суды.
В тот же день Гитлер назначил бывшего германского министра иностранных дел и председателя тайного совета Нейрата германским протектором Чехии и Моравии с местонахождением в Праге. Он должен был утверждать «автономное правительство» и имел право налагать вето на любые решения этого правительства. При этом, протекторат» лишался права представительства перед другими государствами. Внешнеполитические интересы «протектората» представлял Берлин.
Местное законодательство стало второстепенным. Германское правительство имело право издавать для «протектората» специальные законы и декреты, назначать специальные органы и комиссии,