Конец опричнины и её затухание после 1570 года тоже вызывают массу вопросов. Одни учёные считают, что переломным моментом стал татарский набег 1571 года. После потери Москвы, выгоревшей дотла, стало ясно – проект себя не оправдал. Опричный корпус, созданный для безопасности государя, с треском провалил миссию. Да и в целом деление армии на «земскую» и «опричную» ничего не дало. Другие учёные убеждены, что опричнина, наоборот, просто выполнила свои задачи (среди которых не было защиты от набегов внешнего врага) и изжила себя естественным образом, после чего была отменена. А случилось это после 1572 года, когда опричные и земские объединились для битвы с татарами при Молодях. Впервые за долгое время земские шли под началом опричных, опричные под началом земских. Все вместе, рука об руку. Во время подготовки к битве было прекращено размежевание войск. Действия такой смешанной армии впервые за долгое время принесли успех.
Некоторые исследователи убеждены, что опричнина вовсе не пропала, а лишь поменяла «вывеску», трансформировавшись в «особый двор» (С. М. Середонин, С. М. Соловьев, С. Ф. Платонов, Ю. Виппер). Хотя эта концепция нашла отклик далеко не у всех и вызвала жесткую в среде учёных жёсткую полемику.
В любом случае отмена опричнины была ожидаема и логична. Лучшие люди государства, которые её создали и создали, изначально успешно, были жестоко и цинично казнены, пополнив список надуманных изменников. Оставшиеся опричные руководители значительно уступали предыдущим по своему уровню. Говорить о каких-то «звёздах второго этапа опричнины» не приходится, ибо новые опричники не обладали потенциалом, талантами, энергией тех, кого они уничтожили. После казней 1570 года, новые «звёзды» не зажглись.
После условной отмены опричнины многих опальных вернули из ссылки, реабилитировали, отдали конфискованное имущество. По рассказам Генриха Штадена, даже разговоры и упоминания опричнины попали под запрет. Восстановилось единство Боярской думы, был проведен ряд расследований о прошлом бесчинстве опричников. В два этапа казнены последние руководители первого состава, которых не уничтожили в 1570–72 гг.
Нельзя исключать, что проект, созданный как военная реформа (или любая другая реформа – дадим место самым разным вариантам), под конец своего существования просто вышел из-под контроля и был загублен, как любой экспериментальный проект на просторах России.