Всё это привело к новому важному изменению организационной структуры училища, созданию совсем новых кафедр и лабораторий, полному переоборудованию материально-технической базы (МТБ), разработке новых учебных планов и программ, срочному переобучению профессорско-преподавательского состава (ППС) и инженерно-технического состава (ИТС) специальных кафедр и подразделений обеспечения на принципиально новое вооружение.
Ценой огромных усилий всего личного состава училища удалось решить исключительно сложную задачу – подготовить всех выпускников 1960 года к службе в РВСН, куда они и были направлены для прохождения службы.
1 сентября 1962 года ХВАИВУ было переименовано в Харьковское высшее командно-инженерное училище (ХВКИУ) с соответствующей переориентацией профиля подготовки офицеров-ракетчиков, что требовало очередной перестройки учебных планов, программ и всей направленности обучения в сторону комплексной командно-инженерной подготовки. В частности, был значительно увеличен объём часов на тактическую и методическую подготовку, изучение физических основ технологических процессов, вопросов эксплуатации и боевого применения ракетного вооружения и технических систем ракетных комплексов. Особое внимание отводится повседневному привитию слушателям и курсантам командно-методических навыков (КМН).
В 1961 году в училище на 4-х факультетах (инженерном, электротехническом, радиотехническом и энергетическом) обучалось более 1500 слушателей. В учебные планы и программы подготовки были заложены основы устройства, эксплуатации, ремонта и боевого применения разнотипного наземного и бортового оборудования для боевых ракетных комплексов (БРК), созданных последовательно на базе ракет: 8Ж-38; 8К-63; 8К-65, а позднее многоступенчатых: 8К-64; 8К-67; 8К-65. Конструкции этих ракет и агрегатов наземного оборудования были представлены в учебных классах кафедр существующих факультетов и в ракетно-технической базе (РТБ) училища. В дальнейшем в РТБ были построены учебные шахтные пусковые установки (ШПУ) ракет 8К-67 (один из районов г. Харькова – Померки, где располагалась учебная база училища).
В июле-августа 1963 года были сформированы новые факультеты: № 5 – «Автоматизированные системы боевого управления и связи» (АСБУС); № 6 – «Заочного обучения».
Признанием авторитета училища, высокого профессионального уровня его ППС и вклада в науку было создание в училище в 1963 году двух специализированных докторских и одного кандидатского диссертационных советов. К тому времени в училище работало около 40 военных и гражданских докторов и кандидатов технических и физико-математических наук.
За высокие достижения во всех видах деятельности училище в 1967 году было награждено Памятным флагом Правительства СССР.
В 1979 году в училище был организован новый 6-й факультет «Электронно-вычислительных и информационно-расчётных систем РВСН». Факультет осуществлял