Программа первого класса – низшей грамматики – иногда растягивалась на два года. Ученики штудировали основы латыни: части речи, склонения имен существительных и спряжения глаголов, основы синтаксиса. Занятия проводились по учебнику De institutione grammatica libri tres М. Альвареша (1526 – 1582), португальского иезуита, учителя грамматики в первой коллегии Игнатия Лойолы в Лиссабоне. Он был впервые опубликован в 1572 году. Грамматика Альвареша стала официальной грамматикой иезуитов. Знакомились в первом классе и с азами древнегреческого языка.
Ежедневно проводилось четыре урока. На первом проверялось домашнее задание. На втором читали произведения Цицерона (самые легкие письма и эпиграммы) и выполняли упражнения – из учебника Альвареша либо продиктованные учителем.
На третьем отвечали тексты наизусть. Четвертый урок целиком отводился изучению грамматики. И так изо дня в день, кроме воскресенья.
В субботу порядок несколько отличался. На первом уроке повторяли пройденное за неделю. Второй урок отводился концентрированию. Остальные занятия проводились так же, как и в предыдущие дни.
Во втором классе – средней грамматики – завершалось изучение основ латинского языка. Преподавание греческого ограничивалось синтаксисом. Ученики должны были усвоить простейшие правила. Весь первый урок старосты класса (декурионы) проверяли упражнения, заданные накануне, а преподаватель – работы, выполненные письменно. На втором уроке ученики повторяли латинскую грамматику, а также переводили Цицерона с рабочего языка – в белорусских школах таковым был польский – на латынь. Родной язык Казимира Лыщинского, сейчас его называют старобелорусским, в школе не использовался. Только в конце XVII века здесь появился первый в Беларуси школьный театр. Как раз в пьесах, которые ставились на его сцене, звучал старобелорусский язык. На послеобеденных занятиях учитель проводил устный опрос по ранее изученному материалу. В субботние дни повторяли пройденное и изучали катехизис.
В третьем классе – высшей грамматики – практические навыки в разговорной и письменной латыни отрабатывались на произведениях античных авторов. Сначала ученик читал текст и пересказывал его по-польски или на латыни. Далее уже преподаватель разбирал произведение, обращал внимание на упущения в ответе ученика. В завершение учащиеся совместно выполняли перевод. Раз в месяц писали сочинения. Пробовали заниматься стихосложением. Ученики должны были также освоить в полном объеме грамматику греческого языка. Основным материалом для изучения служили басни Эзопа.
На первом уроке декурионы проводили устный опрос учеников, а преподаватель в это время проверял домашние задания.
На втором уроке читали Цицерона, а затем выполняли упражнения в письменной и устной форме. Третий урок отводился для проверки текстов латинских поэтов и греческих