Постепенно и без резких движений Елизавета восстановила англиканскую церковь, по своим догматам и устройству осуществляющую некий компромисс между католичеством и лютеранством. При этом образовалось два крыла радикалов: католиков, сторонников папы, и пуритан, стоявших за полное освобождение от римских обрядов, – с каждым из которых государству пришлось в дальнейшем вести борьбу. Особенно опасными были католики, которых поддерживали не только континентальные державы, но и независимая от Англии Шотландия и примыкающие к ней северные графства. Елизавете пришлось опасаться шотландской королевы Марии Стюарт, своей кузины, которую северяне прочили на трон Англии. К счастью для Елизаветы, Мария запуталась в амурных интригах и, обвиненная в причастности к убийству своего мужа лорда Дарнли, вынуждена была бежать в Англию, где вскоре оказалась на положении пленницы. В 1586 году, когда Испания активно готовилась к нападению на Англию, тайная служба Елизаветы разработала и осуществила операцию (можно сказать, провокацию) по вовлечению Марии Стюарт в преступную переписку с Испанией и получила все необходимые ей улики. Шотландская королева была обвинена в заговоре против Англии, предана суду и казнена 8 февраля 1587 года. В следующем году испанская Непобедимая Армада из 134 кораблей с огромным экспедиционным корпусом на борту отплыла к берегам Англии, намериваясь раз и навсегда покончить с «королевой-еретичкой», но была решительно атакована английским флотом в проливе Ла-Манш, возле порта Кале. Разгром завершила буря, потопившая многие испанские корабли, лишь жалкие остатки Армады сумели вернуться на родину.
Победа над Непобедимой Армадой воодушевила англичан. Борьба против испанцев на море, имевшая до этих пор эпизодический характер, – вспомним пиратские подвиги Фрэнсиса Дрейка, произведенного Елизаветой в рыцари! – приняли характер настоящей морской войны: набеги на испанские колонии в Америке, захваты идущих оттуда в метрополию «золотых» и «серебряных» флотилий, нападения на портовые города в самой Испании (например взятие Кадиса в 1596 году).