Вероятно, это и стало причиной донесения в управление государственной безопасности (УГБ) Управления НКВД по Горьковскому краю о враждебности Карнаковой к советской власти. После небольшого разбирательства она была уволена.
Согласно показаниям двух из допрошенных машинисток, Нина Ивановна высказывала мнение о возможности убийства Кирова на личной, а не политической почве. Ссылаясь на слова знакомого, освободившегося из мест лишения свободы, о примененных к нему пытках, говорила, что обвиненного в убийстве Николаева, возможно, также пытали для получения признательных показаний.
Те же свидетельницы припомнили все колкие слова, оброненные ей за короткий период работы: для народа смерть Куйбышева являлась небольшой потерей; невелика честь быть избранным в члены райсовета; введение карточной системы приведет к подорожанию хлеба; при царизме жилось лучше и интереснее; раньше приятно было смотреть на выправку и форму офицеров.
Обе также заявили, что в настроениях Карнаковой было что-то несоветское, чувствовалось ее формальное, бюрократическое отношение, поскольку она выполняла лишь свою работу и не интересовалась общими результатами машинописного бюро, отказываясь заниматься по окончании рабочего времени.
В ходе первоначального допроса 3 марта Нина Ивановна отрицала, что высказывала мысль о личном мотиве убийства Кирова, хотя, как и другие машинистки, предполагала, что к Николаеву могли применяться пытки. Показания бывших коллег по машинописному бюро по другим вопросам категорически опровергала, заявляя об искажении ее выражений.
Тогда с 14 по 17 марта ее продержали в застенках краевого управления НКВД, но иных показаний от нее добиться не удалось. О факте задержания свидетельствует лишь сохранившаяся в уголовном деле справка, других документов нет.
Позднее, 9 мая, помощником уполномоченного третьего отделения секретно-политического отдела (СПО) УГБ с согласия и утверждения руководства краевого управления НКВД вынесено постановление о предъявлении обвинения и избрании меры пресечения. В постановлении указывалось, что Карнакова достаточно изобличалась в том, что, будучи враждебно настроенной к советской власти, систематически занималась антисоветской агитацией, в частности, по вопросам убийства Кирова и смерти Куйбышева. Деяния квалифицированы по статье 58.10 УК РСФСР, а мерой пресечения способов уклонения от следствия и суда избрано содержание под стражей. Арест санкционировал заместитель прокурора края.
На следующий день на основании ордера начальника УНКВД по месту ее жительства проведен обыск, в ходе которого изъят личный паспорт, и Нину Ивановну арестовали. Еще через сутки была составлена анкета арестованного, и Карнаковой дали возможность ознакомиться с постановлением о предъявлении обвинения и избрании меры пресечения.
На новом допросе она признала себя виновной лишь в том, что