Впрочем, учёба всё-таки потом была, но, скажем так, сугубо профессиональная, а не та, что привела бы его к получению столь желанного высшего образования. Алексея ждала иная и пока что совершенно незнакомая работа…
Ботян превратился в разведчика-нелегала.
Нарком, а затем недолгий министр госбезопасности Меркулов понимал значение нелегальной разведки и ратовал за её выделение в самостоятельную службу.
До сентября 1945 года решение вопросов координации деятельности советских разведывательных служб по атомной проблеме со стороны НКГБ было возложено на подразделение НТР внешней разведки и на первого заместителя руководителя внешней разведки Гайка Овакимяна. В сентябре 1945 года в рамках НКГБ СССР был создан отдел «С» под руководством генерал-лейтенанта Павла Судоплатова, являвшегося одновременно одним из заместителей начальника внешней разведки и продолжавшего возглавлять 4-е управление НКГБ.
С ноября 1945 года Павел Судоплатов по совместительству стал начальником отдела «К» НКГБ СССР, созданного для оперативного обслуживания атомных спецобъектов.
Отдел «С» занимался координацией работы НКГБ и ГРУ по сбору и обработке материалов из США, Канады и Великобритании по проекту «Энормоз». На него же были возложены функции по реализации полученных данных внутри страны. И такое решение оказалось более чем своевременным. Ведь, как утверждают авторы – специалисты в данной области – изданной в 2003 году книги «Укрощение ядра», «в период с 1941 по 1945 год роль разведывательной информации в развитии советского атомного проекта была первостепенной, а в 1946–1949 годах главное значение имели уже собственные усилия и собственные достижения. Границей этих двух периодов является 1945 год, что определяется победой СССР в Великой Отечественной войне и возможностью сосредоточения усилий государства над практическим решением атомной проблемы».
Благодаря усилиям «Алексея» (оперативный псевдоним разведчика А. А. Яцкова. – А. Б.) и его товарищей Советскому Союзу удалось преодолеть ядерную монополию США. Информация советской разведки позволила не только ускорить работы над собственным ядерным оружием, но и сэкономить значительные средства.
В конце 1945 года «Алексей» был назначен исполняющим обязанности резидента внешней разведки. В начале 1946 года ему был присвоен дипломатический ранг вице-консула.
28 сентября 1945 года на заседании Специального комитета было принято решение организовать в его составе Бюро № 2 и подчинить его непосредственно председателю Специального комитета. Далее в этом решении было указано:
«3. Возложить на Бюро № 2:
а) перевод и обработку документов и материалов, поступающих в Специальный комитет из разных источников, материалов, публикуемых в заграничной прессе и заграничной технической литературе