Но опыт обучения в этой школе, как и опыт службы офицеров на кораблях показал и существенные пробелы в их профессиональном образовании. Прежде всего ученики не имели единой формы одежды, жили они по домам, т. к. не было казарм, что создавало определенные трудности. Если дети разночинцев принимались в начальный класс, то дети дворян, ввиду домашнего образования, как правило, зачислялись в старшие классы. Все ученики, вне зависимости от их будущего предназначения, обучались по общим программам; при этом ежегодных общих выпусков из школы не производилось, не было и учебной практики на кораблях. Повелось так, что открывавшиеся вакансии на кораблях замещались наиболее подготовленными выпускниками.
С закладкой на Заячьем острове крепости Санкт-Питербурх 16 мая 1703 г. и Адмиралтейской верфи 5 ноября 1704 г. начал формирование облик северной столицы империи, как центра кораблестроения, центра боевого флота и военно-морского образования. Петру Великому потребовалось девять лет на то, чтобы в тяжелейших условиях войны, в сущности на линию фронта (!) перенести столицу Русского государства из первопрестольной Москвы в Санкт-Петербург. Национальные интересы государства настоятельно требовали решать триединую задачу в едином центре: строить флот, готовить кадры морских офицеров и формировать государственную политику России на века.
Уже к 1715 г. военный флот России одержал ряд морских баталий и вырвался на оперативный простор Балтийского моря. Опыт использования флота в боях потребовал необходимости совершенствования военно-морского образования. И тогда 1 октября 1715 г. указом Петра I в северной столице открывается новое военно-морское образовательное учреждение – Морская академия, или Академия морской гвардии. А Навигацкая школа осталась в Москве и решала задачу подготовки воспитанников для поступления в Морскую академию.
В 1715 г. Петр I начал работу по созданию «Русского свода морских военных законов». Этому предшествовали «Указ по галерам» (1696 г.), «Статьи Крюйса» (1698 г.), «Инструкции и артикулы военные Российскому флоту» (1710 г.), явившиеся первыми официальными документами, регламентирующими принципы кораблевождения, ведения морского боя с учетом мирового и отечественного опыта применения флотов.
После пятилетней работы Императора и его сподвижников был введен в действие «Устав морской о всем, что касается доброму управлению в бытности флота на море. Напечатался повелением Царского Величества в С-П-кой типографии лета Господня 1720, апреля в 13 день». В предисловии к Уставу отмечается величайшая заслуга Петра I в том, что он осуществил многовековое стремление русского народа выйти к Балтийскому морю, иметь свой военный