1 ноября 1878 года в Ливадию на имя царя через Кауфмана отправлено полное отчаяния письмо эмира Афганистана об оказании помощи: «…англичане решились на войну…
Я надеюсь, что Ваше величество будете столь любезны, пошлёте мне дружескую помощь… для поддержания в Афганистане».
Ответ из России о вводе войск и защите от англичан будет отрицательным, эмиру Шир Али-хану посоветовали помириться с британцами, то есть, по существу принять их ультимативные требования, согласно которым Афганистан превращался в сателлита Великобритании.
Гордый эмир Шир Али-хан, вероятно заблуждаясь насчёт незамедлительности оказания помощи со стороны России, принять унизительные условия сотрудничества с Британской короной, лишающие его страну независимости, отказался наотрез, даже под угрозой объявления его «отъявленным врагом британского правительства».
Тем временем, наступление русских войск на Кабул и Герат отменяется окончательно, войска Туркестанского военного округа на афганскую территорию так не перешли.
14 ноября 1878 года из Ливадии на имя Кауфмана поступает телеграмма о принятом императором решении не вмешиваться в англо-афганский конфликт.
Генерал Кауфман на очередную просьбу эмира Шир Али-хана о помощи послал ему совет «покориться».
21 ноября 1878 года англо-индийская армия численностью 36 тысяч человек вторглась на территорию Афганистана. Неравенство сил представлялось очевидным, предательство приграничных горных племён, не только не оказавших противнику сопротивления, но и ориентировавших англичан на наиболее безопасный маршрут в направлении Кабула, вынудило эмира Шир Али-хана бежать, предварительно передав власть своему сыну – Якуб-хану.
21 февраля 1879 года, безжалостно обыгранный северным соседом, Шир Али-хан умирает от гангрены в Мазари-Шарифе.
Тем временем англичане захватили Джелалабад, Кандагар и Кабул.
Вступивший на престол в январе 1879 года эмир Якуб-хан принуждён к заключению в мае 1879 года Гандамакского мирного договора, согласно условиям которого Афганистан превращался в зависимое от Англии владение. К Британии отходили округа: населённый пуштунами Куррам, белуджами – Пишин и Сиби, а также важные в стратегическом отношении горные проходы, включая Хайберский. Афганистан лишён права самостоятельно вести внешние отношения с другими государствами. Деятельность эмира ставилась под контроль постоянного британского представителя. Британские подданные получали право свободного передвижения по стране и свободной торговли. Персонально эмиру от британских властей назначалась ежегодная субсидия в 600 тысяч рупий.
Владычество британцев над Афганистаном продлилось недолго: синхронно сдетонировали национально-патриотический и исламский факторы.
3 сентября 1879 года в Кабуле вспыхнуло вооружённое восстание, охватившее к концу года весь Афганистан. Колонизаторов