На Р. было устроено несколько покушений. 16 декабря 1911 иеромонах Илиодор (Труфанов), некогда единомышленник, а впоследствии злейший гонитель Р., заманил его в ловушку, чтобы «обличить» и принудить к раскаянию. Заговорщики намеревались оскопить Р., но попытка сорвалась. 29 июня 1914 бывшая проститутка Хиония Гусева ударила Р. ножом во время поездки на родину в село Покровское. По свидетельству очевидцев, внутренности Р. вывалились из раны наружу и Х. Гусева воскликнула «Я убила антихриста!». Однако, Р. выжил, правда, как писала в мемуарах его дочь Матрена, стал быстрее утомляться и прибегать к опиуму для снятия боли.
В конце 1916 против Р. был составлен заговор, в котором участвовали князь Феликс Феликсович Юсупов, великий князь Дмитрий Павлович, депутат Государственной Думы В. М. Пуришкевич и офицер британской разведки Освальд Рейнер. 16 декабря 1916 Ф. Ф. Юсупов пригласил Р. в свой особняк на Мойке, якобы, для свидания со своей женой Ириной. За ужином было подано отравленное вино и пирожные. В общей сложности Р. принял дозу цианида, способную убить десятерых. Для верности Ф. Ф. Юсупов выстрелил в него из револьвера. Когда заговорщики попытались вынести тело из дома, Р. неожиданно вскочил и начал отчаянно защищаться. Ему удалось вырваться из подвала во внутренний дворик. Заговорщики несколько раз выстрелили ему в спину, а затем ударили дубиной по голове. Безжизненное тело утопили в Неве. Скрыть преступление не удалось. Через три дня труп был извлечен из воды и похоронен в Царском Селе. Во время Февральской революции группа петроградских рабочих раскопала могилу и сожгла останки Р. в соседнем лесу.
Впоследствии появилось несколько различных версий относительно убийства Р. По одной из них, Р. пал жертвой операции британских спецслужб за пораженческую политику в войне с немцами. В свою очередь, дочь Р. Матрена категорически утверждала, что причиной явились отвергнутые гомосексуальные домогательства князя Ф. Ф. Юсупова. Перед расправой он, якобы, изнасиловал Р., а затем ампутировал его член. Впоследствии мифический член Р. неоднократно обнаруживался в тайниках истории. До 1968 он, якобы, хранился в семье русских эмигрантов в Париже. Затем переходил от одного владельца к другому, а в 1990-ых неожиданно появился в России. 32-сантиметровый заспиртованный орган был выставлен на всеобщее обозрение в одном из музеев Санкт-Петербурга. Однако, его принадлежность Р. ничем не подтверждена.
Харизматическая личность Р. постоянно привлекала внимание исследователей, писателей, музыкантов, кинематографистов: фильм Элема Климова «Агония» (1981) с Алексеем Петренко в главной роли; Эрнста Хофбауэра «Rasputin – Orgien am Zarenhof» (1984) с Александром Конте и мн.