Шах проводил время в беседах с богословами, доверил дела придворным евнухам и царствовал, как писал в «Истории Петра» А. С. Пушкин, «изнеможенный вином и харемом». Дворцовые интриги, коррупция, борьба придворных группировок ослабляли центральную власть и, соответственно, усиливали позиции провинциальных ханов и вождей, в чьих руках оставалась львиная доля собранных средств. Ханы племен, владевшие на правах тиуля – временного и обусловленного службой держания – обширными земельными массивами, целыми округами и областями, стремились теперь превратить свои владения в собственность. В казне же не было средств даже на выплату жалованья войску. «Понеже ныне казенные палаты стали пусты, – отмечал Волынский, – и войскам платить нечем, того ради, как сказывают, что спасалар (главнокомандующий. – И. К.), который ныне в Тавризе, сколько ни навербует войску, то паки все разбегутца, оттого что жалования не дают». Разорение мелких хозяев вызвало скачок цен, а обнищание и озлобление крестьян и кочевников дало почву для охвативших страну мятежей.
По внушению шиитских богословов Султан-Хусейн отказался от политики веротерпимости, проводившейся при его предшественниках, и начал гонение на суннитов на Кавказе, в Курдистане, Афганистане и других областях. В Ширване (Северный Азербайджан) суннитские мечети осквернялись или обращались в конюшни, духовенство подвергалось казням. Преследования распространились и на «неправоверных» дервишей-суфиев, и на шиитские секты, вызывавшие подозрения у власти. Шахское правительство не без оснований опасалось, что распространенное на восточных и западных окраинах государства суннитство может стать знаменем для сепаратистских движений, что вскоре и случилось. Суннитское духовенство Азербайджана, Дагестана и Афганистана вдохновляло движения против шахской власти. Однако недовольно было и шиитское духовенство: доходы мечетей упали в результате введения нового налогового законодательства.
В 1720 году начались восстания в Луристане и Курдистане; вторгшиеся в южный Иран белуджи в 1721 году разграбили порт Бендер-Аббас. Объявил себя независимым губернатор Туна Мелик-Махмуд. Самым крупным из восстаний стало выступление афганского племени гильзаев. В 1709 году под руководством вождя Мир-Вейса они захватили Кандагар и отложились от шаха. Сын Мир-Вейса, энергичный и смелый Махмуд (1717–1725), не только отстоял независимость, но и сумел организовать своих воинов на войну с шахом. В конце 1721 года его 20-тысячное войско двинулось на Исфахан. Сражение при Гюльнабаде 25 февраля 1722 года