Несмотря на то что отделения и пункты военной цензуры являлись отдельным аппаратом, не интегрированным в аппараты особых отделов, оперативно они подчинялись заведующим отделениями и пунктами Особого отдела по месту дислокации. Финансирование отделений и пунктов военной цензуры также производилось через Особые отделы. На процессе формирования и деятельности военной цензуры существенно сказывалось отсутствие специалистов, особенно коммунистов со знанием восточных языков. Руководители цензурных пунктов сообщали в областные и краевой центры о невозможности организации нормальной работы в связи с отсутствием кадров и нежеланием местных партийных органов эти кадры предоставить. В связи с этим ОО Туркестанского фронта в отдельных случаях был вынужден допустить организацию цензуры на почте и телеграфе только в областном городе. Организацию же пунктов в уездных городах разрешено было временно отложить.
Существовавший кадровый голод сказывался и на процессе обработки корреспонденции. Обилие почтовой корреспонденции на восточных языках, которую невозможно было прочитать даже за 18-часовой рабочий день, приводило к тому, что большая часть корреспонденции сдавалась обратно на почту без просмотра. По причине недостатка кадров заведующие цензурными пунктами, в нарушение инструкции, привлекали к работе непартийные кадры из числа мусульманского населения. Тем не менее по состоянию на 1 марта 1920 года вся территория республики была охвачена сетью военно-цензурных отделений и пунктов: Семиреченская область – отделение в Верном, пункты в городах Копале, Джаркенте (Жаркенте), Черняеве (Шымкенте), Пржевальске (Караколе); Ферганская область – отделение в Скобелеве (Фергана), пункты в Коканде, Андижане, Намангане и Оше; Самаркандская область – отделения в Самарканде и Новой Бухаре (Кагане), пункты в Катта-Кургане, Чарджуе (Чарджоу) и Керках; Закаспийская область – отделение в Полторацке (Асхабаде), пункты в городах Мерв и Красноводск (Туркменбаши)277.
30 июня 1920 года вопрос о подчиненности почтово-телеграфного контроля обсуждался на совещании члена коллегии и заместителя председателя ВЧК В. Р. Менжинского и начальника Отдела военной цензуры Полевого штаба РВСР Н. Н. Батурина. В результате приказом РВСР от 10 августа 1920 года за № 1526/269 функции Почтельконтроля были переданы Особым отделам278. В тот же день начальник ОО ВЧК В. Р. Менжинский отдал распоряжение организовать в ОО отдел военной цензуры почтово-телеграфной корреспонденции. Начальником отдела остался И. А. Медведев. На тот момент имелось всего 71 отделение ВЦ, в том числе 31 отделение при военных формированиях (фронт, армия), 35 отделений при