Убийство Клебера, случившееся 14 июня 1800 г., имело весьма несчастные последствия для французов, в особенности же для Ренье, который после Мену, ставшего главкомом, был старшим генералом в армии. Зная неспособность Мену к этому ответственному посту и нерасположение к нему войск, Ренье, хотя и повиновался его власти и неуместным распоряжениям, но делал частые замечания и возражения, и этим навлёк на себя его ненависть и гонение. Армия, без всякой пользы, разбросанная по разным местам, нуждалась в деньгах и припасах. 8 марта 1801 г. в Абукире вышла на берег англо-турецкая армия, а генерал Фриан, находившийся там с весьма слабыми силами, не мог тому помешать. Ренье старался побудить Мену к быстрым и решительным действиям; но главнокомандующий не слушал его и дела приняли дурной оборот. Французская армия напала 21 марта на укреплённый лагерь англичан, расположившихся, под начальством Эберкромби, при Каноне, близ Александрии, но была отражена с огромным уроном. Солдаты начали роптать, требовать смены Мену генералом Ренье, и этим побудили главнокомандующего, в ночь с 13 на 14 мая, приказать арестовать его генералу Дестэну и отправить вместе с некоторыми другими офицерами-фрондёрами, во Францию. Бриг «Лоди», на котором находился Ренье, благополучно избежав английских крейсеров, прибыл 28 июня в Ниццу.
Бонапарт принял Ренье весьма холодно, но предоставил ему право оправдаться напечатанием своих записок. В 1802 г. он опубликовал памфлет «О Египте после сражения при Гелиополисе», в котором резко критиковал своих обидчиков. Более того, после возвращения остатков Египетского экспедиционного корпуса (Восточной Армии) на родину он вызвал генерала Дестэна (исполнителя приказа «своего обидчика») на дуэль и 5 мая 1802 г. убил его, за что впал в немилость Первого консула и был выслан в своё поместье.
Некоторое время Ренье жил в уединении.
29 сентября 1803 г. он возвратился к активной службе с назначением в состав французских войск, дислоцирующихся в Итальянской Республике. 12 февраля 1806 г. Ренье осадил крепость Гаэту и взял штурмом редут Св. Андрея. Затем он несколько лет усмирял Калабрию.
Так в начале июля 1806 г. 9 тыс. англичан и сицилийцев, под командой генерала Стюарта, высадились в ней, и к ним присоединились 4 тыс. тамошних жителей. Ренье тщетно просил подкрепления, и чтобы не дать восстанию распространиться, решился подавить его самостоятельно, причем, одним концентрированным ударом. 4 июля он атаковал неприятеля на месте его высадки, но был отбит с большими потерями и вынужден оставить Калабрию. С трудом отступив, дивизия Ренье соединилась при Морано с корпусом маршала Массена. Война продолжалась ещё более года, даже после возвращения англичан на Сицилию. 27 мая 1807 г. Ренье одержал при Милето победу над принцем Гессен-Филиппстальским.