Потерял лошадь, убитую под ним, когда геройски оборонял Наполеона от нападения казаков во время ставшей знаменитой рекогносцировки под Городней после Малоярославецкого сражения в начале ретирады французского императора из Москвы.
Затем сражался в арьергарде маршала Нея и при Березине получил свою двадцать четвёртую рану.
Сопровождал императора во время бегства из России в Вильно.
Активно участвовал в реорганизации французской армии.
15 декабря 1812 г. возвратился в Данциг с чёткими инструкциями Императора: «Цитадель должна продержаться до одного года».
13 января 1813 г. помимо гарнизона крепости возглавил остатки X-го корпуса, приведённого в крепость маршалом Макдональдом (всего 36 тыс. чел.).
С 15 января 1813 г. выдерживал осаду российскими войсками, предпринимая многочисленные успешные вылазки, но голод, эпидемии и потеря двух третей гарнизона вынудили его пойти на переговоры с герцогом А. Ф. К. Вюртембергским.
17 декабря 1813 г. подписал почётную капитуляцию на условиях свободного прохода гарнизона во Францию с оружием, артиллерией и обозом. Однако, когда 1 января 1813 г. гарнизон вышел из города, Рапп узнал, что император Александр I-й отказался ратифицировать капитуляцию и все французы объявлены пленниками (в плен отправились 5.2 тыс. французов и 1.3 тыс. неаполитанцев). Рапп попал на Украину и жил в плену в Киеве.
После отречения Наполеона был освобожден и в июле 1814 г. вернулся во Францию.
После высадки Наполеона во Франции (1 марта 1815 г.) Рапп был назначен Бурбонами командиром 2-го корпуса армии герцога Беррийского, направленной против Наполеона.
Через 4 дня Рапп оставил командование и перешел на сторону Бонапарта.
С 25 марта 1815 г. – командир V-го Обсервационного корпуса в Страсбурге (Эльзас).
16 апреля корпус был развернут в Рейнскую армию, а генерал Рапп стал её главнокомандующим. О его успехах на поприще обороны западной границы Франции от австрийцев генерал Грессо писал в рапорте маршалу Сульту так: «Никто не сомневается в его храбрости, но как главнокомандующий он полный нуль».
За 20 дней до Второго Отречения Наполеона (2 июня 1815 г.) получил титул пэра Франции. После того как австрийские войска начали форсировать Рейн, Рапп, имея незначительное количество войск, остановил их продвижение у Ле-Суффеля. После Ватерлоо отвел свои войска в Страсбург.
После Второй Реставрации Бурбонов недолго командовал 5-м военным округом, но в сентябре 1815 г. оставил командование и спасался бегством в Швейцарию.
В 1817 г. вернулся в Париж и вскоре стал пользоваться покровительством королевского двора.
5 марта 1819 г. Рапп снова стал пэром Франции.
26 ноября 1820 г.