В XIII веке церковь переживает очень серьезный кризис, самыми яркими проявлениями которого становятся ереси, но который также приводит к усилению попыток реорганизации и реформирования. Создаются новые религиозные ордена, ставящие своей целью восстановить евангельский идеал абсолютной бедности и проповедь веры. Главные среди них «нищенствующие ордена» доминиканцев (братья-проповедники) и францисканцев (братья-минориты), а также кармелиты и орден отшельников св. Августина; их аскетизм и религиозный пыл способствуют успеху. Все они играют важную роль в том, что относится к образованию, потому что, вопреки сложившейся традиции, они обосновываются в центре городов. Доминиканский орден, основанный в 1215 году в Тулузе св. Домиником (ум. 1221), разрастается быстрыми темпами: в XIV веке он насчитывает порядка 600 монастырей и 12 000 монахов. Когда Парижский трактат кладет конец альбигойскому кризису (1229), доминиканцам поручается проведение Инквизиции (1232), а их якобитский монастырь в Тулузе приютил новый университет, за создание которого должен взяться граф Раймунд VII. Повсюду, где появляется орден, он стремится организовать обучение на высоком уровне, как было предусмотрено его основателем в 1217–1220 годах и устроено последующими капитулами, начиная с 1259 года. В основе этой системы лежат монастыри, каждый из которых имеет «доктора» для обучения теологии и помощника-преподавателя (maître des étudiants). Далее, в каждом регионе есть одна или две школы (studia solemnia), лучшие ученики из которых затем переходят в различные studia generalia, принадлежащие ордену. Эта организация подчиняется факультету теологии в Париже, где доминиканцам принадлежат две кафедры и где они готовят преподавателей, наделенных jus ubique docendi (универсальным правом преподавания). Их монастырь на улице Сен-Жак (отсюда название «якобиты»), основанный в 1221 году и являющийся первым studium generale, принимает уважаемых наставников: Альберта Великого, Фому Аквинского и других.
Это учебное учреждение дает проповедникам несравненную научную подготовку; она обеспечивает децентрализацию преподавания теологии, до сих пор сосредоточенного в Париже, и позволяет в середине XIV века создать в университетах многочисленные факультеты теологии[47].
В Провансе настоятель Монпелье учреждает studium generale с библиотекой[48]. Наряду с Тулузой, в 1224 году орден обосновывается в Авиньоне и открывает там третий по счету studium в провинции. Библиотека Авиньона начинает быстро пополняться с приездом пап благодаря значительным дарам и работе монахов-переписчиков:
Библиотека […] обладает почти что современным книжным фондом […], динамичным, постоянно пополняющимся и предназначенным для активного использования, короче говоря, это библиотека для работы, которой могут пользоваться проповедники. Почти полное отсутствие литургических книг, имевших повышенную ценность, наводит на мысль о том, что эта библиотека была справочной…