По прибытии батюшка стал сразу же заботиться о ремонте Троицкого храма, поскольку прогнившая крыша грозила обвалом. Кроме этого, он решил тайно написать для храма большие иконы. Тогда сделать все это казалось невозможным по материальным причинам и небезопасным по причинам политическим. К примеру, в 1962 году в Рязанской епархии судили священника Константина Гаврилова и монахиню Фиву (Климентовскую) только за то, что через них епархия приобретала в Москве кровельное железо для ремонта храмов. Однако политические причины не устрашили отца Иоанна Крестьянкина, а материальные трудности разрешились сами собой, после того как из Москвы в Троицкую церковь стали приезжать почитатели отца Иоанна, его бывшие прихожане. Благодаря их стараниям и труду ясаковских прихожан за один сезон была отремонтирована крыша и побелены стены храма. А вскоре в Исакове появилась художница, которая писала этюды. Но это для отвода глаз. По ночам по благословению батюшки Иоанна в Троицком храме при закрытых дверях, при заставленных щитами окнах она занималась иконописью. И вот в один из прекрасных дней в нишах внешних церковных стен появились большие, видимые издалека иконы. Это было для ясаковцев неожиданным праздником души. Все с изумлением смотрели на искусно выполненные, впечатляюще большие иконы. А кроме этого, отец Иоанн приятно удивил своих прихожан тем, что, благословясь у настоятеля Троицкого храма игумена Дорофея, перестал брать вознаграждения за церковные требы. Весть об этом быстро распространилась по Рязанской епархии. Казалось бы, хорошее, благое дело, однако оно вызвало неодобрение среди рязанских иереев. Вскоре к отцу Иоанну Крестьянкину прибыла делегация от многодетных священников.
– Теперь прихожане других храмов будут приводить ваш пример в своих приходах. Но как же быть многодетным священникам? Им же детей кормить надо!
Он был крайне озадачен и позднее вспоминал этот случай как урок того, что может случиться, когда проявляется ревность не по разуму.
Однако по Божьему Промыслу эта ситуация вскоре разрешилась. В декабре 1959 года бессребреник иерей Иоанн Крестьянкин был переведен в храм в честь бессребреников Космы и Дамиана.
К тому времени при этом храме была организована небольшая общинка из монахинь разоренных женских монастырей. Тайно совершались и постриги. Отец Иоанн, в частности, постриг в инокини благочестивую женщину Анастасию Короткову, которая исполняла обязанности алтарницы. Неся это послушание, матушка очень скорбела от того, что по своей неграмотности не может помогать священнику читать записки. Однажды, идя на пасхальную утреню, она с детскою простотою души стала молиться Богу, чтобы Он дал ей возможность читать хотя бы поминальные записки. Придя в алтарь и благословившись у батюшки, она принялась за обычное приготовление к службе.