После его кончины Хуана всё ещё оставалась рядом с ним, глухая ко всем соболезнованиям или протестам, внешне равнодушная. Она спокойно отдала приказ, чтобы тело её мужа было торжественно доставлено в большой зал дворца на великолепном катафалке, покрытом золотой тканью. Усопший был облачён в подбитую горностаем мантию из богатой парчи, голова покрыта украшенной драгоценными камнями шапкой, а на груди висел великолепный бриллиантовый крест. В конце зала был установлен трон, куда усадили труп, как при жизни. В течение всей ночи монахи молились за него перед троном, и когда солнечный свет проник в окна, тело было вскрыто, забальзамировано и помещено в свинцовый гроб. Смерть обожаемого супруга окончательно ввергла Хуану в невменяемое состояние. Когда-то один монах рассказал ей про некоего принца, который умер, но через 14 лет снова пробудился к жизни, и теперь, как ребёнок, королева ожидала, что её муж снова оживёт. Поэтому время от времени приказывала вскрыть гроб, чтобы взглянуть на него.
В январе 1507 года ей пришла в голову мысль отвезти тело Филиппа в королевский семейный склеп Гранады. Она отправилась на юг с большой похоронной процессией, приказав ехать ночью при свете факелов, потому что полагала:
– Вдова, которая потеряла солнце своей души, никогда больше не должна показываться при свете дня.
Однажды, когда они остановились перед домом одного монашеского ордена, чтобы переночевать там, Хуана обнаружила, что это был женский, а не мужской монастырь, и тотчас настояла на том, чтобы гроб супруга отнесли в поле, подальше от любого женского общества. В городе Торквемада у Хуаны внезапно начались боли, она отказалась от помощи акушерок и совсем одна произвела на свет дочь, которую назвала Екатериной. Мрачная процессия так никогда и не дошла до Гранады. Вместо этого Хуана поехала встречать своего отца, который вернулся из Неаполя, чтобы взять бразды правления в свои руки. Филиппа Красивого похоронили, а пятидесятипятилетний Фердинанд 18 марта 1507 года впервые встретился в Дуэньясе со своей двадцатилетней невестой. Однако их брак с Жерменой, заключённый в Вальядолиде, был плохо принят в Кастилии, где считали, что Фердинанд предал их покойную королеву. Тем не менее, спустя два года, когда его супруга уже была в положении, король Арагона убедил кортесы в полной невменяемости дочери и отправили её в замок Тордесильяс под неусыпный надзор. 3 мая 1509 года Жермена родила сына Хуана, принца Жироны, прожившего всего несколько часов. Других детей у пары больше не было.
Наследниками