Похороны принца были устроены с большим размахом, и он упокоился в доминиканском монастыре Святого Томаса в Авиле, который был построен его родителями. Несколько лет спустя его казначей Хуан Веласкес приказал воздвигнуть в его память красивый памятник и сам добавил короткую, но трогательную эпитафию. Хуан изображён лежащим во весь рост, сложив руки, как будто в молитве. Вся фигура изысканно проста и величественна в своём совершенном покое, и если прекрасное мраморное изваяние соответствовало реальности, можно понять горе Испании в связи с этой тяжёлой утратой.
После смерти мужа популярность Маргариты в Испании ещё больше возросла. Современник свидетельствует:
– Ей часто приходилось ждать в полях под тенью олив наступления ночи, поскольку она не осмеливалась входить в города и селения днём из-за того, что люди толпились вокруг её носилок и громко выражали своё желание видеть её своей единственной госпожой, хотя, когда королева Португалии, наследница, торжественно и помпезно въезжала средь бела дня, они едва приветствовали её.
Изабелла, старшая сестра принца, была следующей в очереди на престол, но после её смерти через год и смерти её маленького сына два года спустя, наследницей королевств Арагона и Кастилии стала Хуана, жена Филиппа Красивого.
Король и королева тоже очень нежно относились к Маргарите, и всячески пыталась утешить её. Известно, что дочь Максимилиана обучала французскому языку свою невестку Екатерину, которая была помолвлена с принцем Уэльским, наследником короля Англии, так как 17 июля 1498 года Генрих VII поручил послу де Пуэбле передать испанским государям:
– Королева и мать короля желают, чтобы принцесса Уэльская всегда говорила по-французски с принцессой Маргаритой, которая сейчас находится в Испании, дабы выучить язык и иметь возможность общаться на нём, когда она приедет в Англию. Это необходимо, потому что эти дамы не понимают латыни, а тем более испанского. Они также желают, чтобы принцесса Уэльская приучила себя пить вино. Вода в Англии непригодна для питья, и даже если бы это было так, климат не позволил бы её пить.
Маргарита провела почти два года при испанском дворе. Только после того, как прошла первая годовщина смерти её мужа, и его память была должным образом почтена помпезными богослужениями в Авиле, началось обсуждение её возвращения в Германию. Её фламандские слуги так и не привыкли